Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.cmm.msu.ru/~juliaka16/MMB/text/MMB_11.html
Дата изменения: Sat May 26 03:10:12 2012
Дата индексирования: Tue Oct 2 17:44:05 2012
Кодировка: Windows-1251
task_11

Докинг низкомолекулярных лигандов в структуру белка

Вернуться к списку занятий



  • NAG

  • SMILES NAG
    Команды:
    obgen nag.smi > nag.mol
    babel -imol nag.mol -opdb nag.pdb
    С помощью скрипта созданы файлы pdbqt для белка
    и лиганда.
    Создан файл vina.cfg.

  • Первый докинг.

  • Получены файлы:
    nag_prot.pdbqt - положения лиганда.
    и nag_prot.log. - энергии моделей.
    Три лучших энергии:
    mode |   affinity | dist from best mode
         | (kcal/mol) | rmsd l.b.| rmsd u.b.
    -----+------------+----------+----------
       1         -5.0      0.000      0.000
       2         -4.8      3.523      5.281
       3         -4.8      4.304      6.329
    


    Все состояния лиганда:




  • Докинг с учетом подвижности боковых радикалов.

  • Подвижная часть: Asp59, Asn113, Arg115.
    Команды:
    python /usr/share/pyshared/AutoDockTools/Utilities24/prepare_flexreceptor4.py -r seq5.pdbqt -s ASP59_ASN113_ARG115
    vina --config vina.cfg --receptor 5_rigid.pdbqt --flex 5_flex.pdbqt --ligand nag.pdbqt --log nag_prot_flex.log --out nag_5_flex.pdbqt
    Полученные файлы:
    nag_prot_flex.log.
    nag_prot_flex.pdbqt
    Три лучших энергии:
    mode |   affinity | dist from best mode
         | (kcal/mol) | rmsd l.b.| rmsd u.b.
    -----+------------+----------+----------
       1         -5.0      0.000      0.000
       2         -4.8      3.186      4.663
       3         -4.7      1.532      3.869
    

    Докинг с подвижными лигандами считался дольше, чем обычный, что логично.
    Полученные структуры:


    В обычном докинге (сиреневый белок, красный лиганд) центров расположения лиганда меньше, чем в докинге с подвижными радикалами (оранжевый белок, фиолетовый лиганд).
    В обычном докинге большая часть положений лиганда сосредоточена в активном центре, тогда как во втором докинге все положения лиганда в основном разбросаны в других участках белка. Таким образом, подвижный докинг является более гибким, возможно, с его помощью можно проследить путь лиганда к активному центру.
  • Докинг с другими лигандами.

  • Получены лиганды, в которых СH3C(=O)NH группа замещена на
    -OH nag_oh.smi
    -NH2 nag_nh2.smi
    -H nag_h.smi
    -Ph nag_ph.smi

    Для докинга воспользовалась скриптом:
    export PATH=${PATH}:/home/preps/golovin/progs/bin
    for i in nag_h nag_oh nag_nh2 nag_ph ;do
    obgen ${i}.smi > ${i}.mol
    babel -imol ${i}.mol -opdb ${i}.pdb
    /home/preps/golovin/progs/bin/prepare_ligand4.py -l ${i}.pdb -o ${i}.pdbqt
    vina --config vina.cfg --receptor 5.pdbqt --ligand ${i}.pdbqt --out ${i}_5.pdbqt --log ${i}_5.log
    vina --config vina.cfg --receptor 5_rigid.pdbqt --flex 5_flex.pdbqt --ligand ${i}.pdbqt --out ${i}_5_fr.pdbqt --log ${i}_5_fr.log
    done

    Файлы можно посмотреть здесь

    Данные для:

    -OH
     Неподвижный докинг
    mode |   affinity | dist from best mode
         | (kcal/mol) | rmsd l.b.| rmsd u.b.
    -----+------------+----------+----------
       1         -5.4      0.000      0.000
       2         -4.8      4.467      6.170
       3         -4.8      4.262      7.165
    

     Подвижный докинг
    mode |   affinity | dist from best mode
         | (kcal/mol) | rmsd l.b.| rmsd u.b.
    -----+------------+----------+----------
       1         -5.3      0.000      0.000
       2         -4.8      3.495      4.770
       3         -4.8      3.221      5.378
    

    PyMol:


    -NH2
     Неподвижный докинг
    mode |   affinity | dist from best mode
         | (kcal/mol) | rmsd l.b.| rmsd u.b.
    -----+------------+----------+----------
       1         -5.8      0.000      0.000
       2         -5.7      2.333      6.877
       3         -5.3      2.697      6.594
    

     Подвижный докинг
    mode |   affinity | dist from best mode
         | (kcal/mol) | rmsd l.b.| rmsd u.b.
    -----+------------+----------+----------
       1         -5.6      0.000      0.000
       2         -5.3      2.013      3.009
       3         -4.8      8.433     10.679
    

    PyMol:


    -Ph
     Неподвижный докинг
    mode |   affinity | dist from best mode
         | (kcal/mol) | rmsd l.b.| rmsd u.b.
    -----+------------+----------+----------
       1         -5.8      0.000      0.000
       2         -5.7      2.344      6.859
       3         -5.4      2.622      6.720
    

     Подвижный докинг
    mode |   affinity | dist from best mode
         | (kcal/mol) | rmsd l.b.| rmsd u.b.
    -----+------------+----------+----------
       1         -4.7      0.000      0.000
       2         -4.5      2.584      4.080
       3         -4.4      2.794      6.106
    

    PyMol:


    -H
     Неподвижный докинг
    mode |   affinity | dist from best mode
         | (kcal/mol) | rmsd l.b.| rmsd u.b.
    -----+------------+----------+----------
       1         -4.4      0.000      0.000
       2         -4.3      3.485      4.478
       3         -4.2      9.046     10.688
    

     Подвижный докинг
    mode |   affinity | dist from best mode
         | (kcal/mol) | rmsd l.b.| rmsd u.b.
    -----+------------+----------+----------
       1         -4.4      0.000      0.000
       2         -4.2      4.014      5.208
       3         -4.2      4.625      7.031
    

    PyMol:


    Самая высокая афинность у лиганда с фенильной группой.

    © Karavaeva Julia 2009