Занятие 6. Функции генов и их продуктов. Онтологии, GO

Поиск нужного термина в словарях GO

Заданноне описание локализации белка - ядро, организм - Bos taurus. На главном сайте консорциума GO http://www.geneontology.org/ найдем наиболее подходящий термин. Для этого в поиске наберем вольный перевод термина на английский - nucleus, укажем поиск не по генам, в результате получаем 155 находок. После указания фильтра (Cellular Components) результатов поиска стало всего 19. Нам подходит первая находка:

• заданное описание локализации - ядро
• выбранный термин GO и его идентификатор - GO:0005634: "nucleus"
• название онтологии GO и его перевод на русский - Cellular component - компонент(часть) клетки
• определение термина - Ограниченная мембраной органелла эукариотических клеток, в которой располагаются хромосомы и происходит репликация ДНК. В основном ядро содержит все клеточные хромосомы, кроме тех, что принадлежат отдельным органеллам, а также оно является местом синтеза РНК и ее процессинга. У некоторых видов или в специализированных типах клеток метаболизм РНК и репликация ДНК могут отсутствовать.
  (A membrane-bounded organelle of eukaryotic cells in which chromosomes are housed and replicated. In most cells, the nucleus contains all of the cell's chromosomes except the organellar chromosomes, and is the site of RNA synthesis and processing. In some species, or in specialized cell types, RNA metabolism or DNA replication may be absent.)

Описание функции конкретного белка с помощью терминов GO

Получите полную запись банка Swiss-Prot, описывающую последовательность белка TRIB2_HUMAN (Q92519). строки поля DR, посвященные БД GO:


DR     GO:0005737; C:cytoplasm; ISS:UniProtKB.
DR     GO:0005856; C:cytoskeleton; IEA:UniProtKB-KW.
DR     GO:0005634; C:nucleus; IDA:HPA.
DR     GO:0005524; F:ATP binding; IEA:InterPro.
DR     GO:0004672; F:protein kinase activity; IEA:InterPro.
DR     GO:0004860; F:protein kinase inhibitor activity; IEA:UniProtKB-KW.
DR     GO:0006468; P:protein amino acid phosphorylation; IEA:InterPro.
DR     GO:0043405; P:regulation of MAP kinase activity; ISS:UniProtKB.   

По этим данным опишем функцию заданного белка в таблице:

	Онтология GO (название словаря)	Количество ассоциированных терминов GO	Краткий ответ на вопрос
Где?	С (cellular compound)	3	В цитоплазме, цитоскелете и ядре
Зачем, для чего?	P (Biological process)	2	Фосфориляция белковых аминокислот, регуляция МАР-киназной активности
Молекулярный механизм?	F(molecular Function)	2(записи вида ......... activity)	ингибитор белковых киназ
Специфичность?	F(molecular Function)	1(записи вида ........ binding)	связывание с АТФ

Создание больших выборок белков с определенными функциями
(поиск по идентификаторам GO в UniProt с помощью SRS)

Протеом Bos taurus. Результаты поиска в UniProt, 03.05.2009 г.

	Количество записей	Запрос
Всего из данного организма	5646	(([swissprot-Organism:Bos*] & [swissprot-Organism:taurus*]) | [swissprot-Organism:Bos taurus*])
С идентификаторами всех трех онтологий GO	2520	((([swissprot-Organism:Bos*] & [swissprot-Organism:taurus*]) | [swissprot-Organism:Bos taurus*]) & (((([swissprot-DBxref:GO:*] & [swissprot-DBxref:P:*]) & [swissprot-DBxref:F:*]) & [swissprot-DBxref:C:*]) > parent ))
В том числе ядерных	501	(((([swissprot-Organism:Bos*] & [swissprot-Organism:taurus*]) | [swissprot-Organism:Bos taurus*]) & (((([swissprot-DBxref:GO:*] & [swissprot-DBxref:P:*]) & [swissprot-DBxref:F:*]) & [swissprot-DBxref:C:*]) > parent )) & ([swissprot-DBxref:GO:0005634*] > parent ))
В том числе те, у которых встречается хотя бы один раз самое хорошее доказательство функции (коды EXP, IDA или TAS)	5	((([swissprot-DBxref:GO:0005634*] > parent ) & (((((((((([swissprot-DBxref:Go:*] & [swissprot-DBxref:P:*]) & [swissprot-DBxref:F:*]) & [swissprot-DBxref:C:*]) & [swissprot-DBxref:Go:*]) & [swissprot-DBxref:EXP:*]) | [swissprot-DBxref:Go:*]) & [swissprot-DBxref:IDA:*]) | [swissprot-DBxref:Go:*]) & [swissprot-DBxref:TAS:*]) > parent )) & (([swissprot-Organism:Bos*] & [swissprot-Organism:taurus*]) | [swissprot-Organism:Bos taurus*]))
В том числе только с самыми хорошими доказательствами функции (коды только EXP, IDA или TAS)	5	(((((((([swissprot-DBxref:Go:*] & [swissprot-DBxref:EXP:*]) | [swissprot-DBxref:Go:*]) & [swissprot-DBxref:IDA:*]) | [swissprot-DBxref:Go:*]) & [swissprot-DBxref:TAS:*]) > parent ) & ([swissprot-DBxref:GO:0005634*] > parent )) & (([swissprot-Organism:Bos*] & [swissprot-Organism:taurus*]) | [swissprot-Organism:Bos taurus*]))

 

Комментарии:Исходя из вышеизложенного, можно сделать вывод, что белки заданной группы в организме Bos taurus аннотированы недостаточно хорошо, т.к. из 501 известных ядерных белков только 5 имеют хорошее доказательство их функций.