Зачетное задание
Информация о белке с идентификатором 1ho5:
Если перевести на русский язык название моего белка, то получится "5'-нуклеотидаза, специфичная к UDP". Если вы захотите найти информацию о нем, то необхдимо будет воспользоваться банками данных. Чтобы найти там мой белок, нужно ввести в поле поиска его идентификатор ( у моего белка несколько идентификаторов ) : P07024; P78274; Q2MBU7.
Мой белок ( его еще называют USHA_ECOLI ) был впервые найден у Escherichia coli (strain K12), которая являетя Протеобактерией. Молекулярная масса белка равна 60824 MW, а длина последовательности составляет 550 AA ( ниже вся эта информация подробно приведена в табличках ). Субъединицей белка служит мономер, который может связывать 2 иона цинка с одной субъединицей. Активность этого белка ингибируется внутриклеточным белком-ингибитором, но в клетке он играет исключительную роль, т.к. деградирует внешнюю UDP-глюкозу до уридилмонофосфата и глюкозо-1-монофосфата, которые затем могут быть использованы клеткой.
Внешне белок очень красив, он напоминает по форме сердце. Это становится возможным благодаря тому, что он состоит из двух одинаковых цепей, в каждой из которых содержится по 525 аминокислотных остатка. Также в состав каждой из цепей входят ионы марганца, фосфат-ионы, аденозин и вода ( более подробная информация приведена в табличке немного ниже ). Каждая из цепей имеет альфа-бета структуру, в состав входят 45 альфа-спиралей и 82 бета-складки ( рисунок , демонстрирующий третичную структуру, приведен ниже ).
О моем белке, по данным SwissProt, опубликовано 9 статей. К сожалению, далеко не все они находятся в свободном доступе, поэтому я вынуждена лишь привести аннотацию одной из статей, которую я нашла на сайте UniProt по адресу http://www.uniprot.org/citations/9278503 :
Blattner F.R., Plunkett G. III, Bloch C.A., Perna N.T., Burland V., Riley M., Collado-Vides J., Glasner J.D., Rode C.K., Mayhew G.F., Gregor J., Davis N.W., Kirkpatrick H.A., Goeden M.A., Rose D.J., Mau B., Shao Y.
The 4,639,221-base pair sequence of Escherichia coli K-12 is presented. Of 4288 protein-coding genes annotated, 38 percent have no attributed function. Comparison with five other sequenced microbes reveals ubiquitous as well as narrowly distributed gene families; many families of similar genes within E. coli are also evident. The largest family of paralogous proteins contains 80 ABC transporters. The genome as a whole is strikingly organized with respect to the local direction of replication; guanines, oligonucleotides possibly related to replication and recombination, and most genes are so oriented. The genome also contains insertion sequence (IS) elements, phage remnants, and many other patches of unusual composition indicating genome plasticity through horizontal transfer.
Итак, ниже, как и обещала,привожу таблички и картинки:
|
Содержание |
| Название белка |
5'-нуклеотидаза, специфичная к UDP |
| Поле комментариев |
Функция: деградация внешней UDP-глюкозы до уридилмонофосфата и глюкозо-1-монофосфата, которые затем могут быть использованы клеткой;
Каталитическая активность: уридилдифосфатглюкоза при реакции с водой дает уридилмонофосфат и альфа-d-альдозу-1-фосфат;
Каталитическая активность: 5'-рибонуклеотид при реакции с водой дает рибонуклеозид и фосфат;
Кофактор: связывает 2 иона цинка с одной субъединицей;
Регуляция ферментом: активность этого белка ингибируется внутриклеточным белком-ингибитором;
Субъединица: мономер;
Местонахождение внутри клетки: периплазма;
Экспортируется из клетки за исключением маленькой части,которая находится внутри клетки;
Сходства: принадлежит к семейству 5'-нуклеотидаз |
| Идентификаторы записей PDB |
P78274; Q2MBU7 |
Ниже я попытаюсь понятно и наглядно показать особенности последовательности и структуры моего белка:
| Первый код доступа |
P07024 |
| Идентификатор последовательности в Банках данных |
USHA_ECOLI |
| Название организма |
Escherichia coli (strain K12) |
| Классификация организма (список таксонов) |
Бактерии; Протеобактерии; Гамммапротеобактерии; Enterobacteriales; Enterobacteriaceae; Escherichia. |
| Длина последовательности |
550 AA |
| Молекулярная масса белка |
60824 MW |
Особенности последовательности
| содержит субстрат-связывающие участки;придает устойчивость,служит для стабилизации |
В белке представлены следущие цепи макромолекул:А и В
|
Идентификатор цепи
|
Число остатков
|
Название молекулы
|
Комментарии
|
|
A
|
525
|
5'-NUCLEOTIDASE
|
5'-нуклеотидаза
|
|
В
|
525
|
5'-NUCLEOTIDASE
|
5'-нуклеотидаза
|
Cледующие низкомолекулярные вещества входят в состав белка:ион марганца,фосфат-ион,аденозин и молекулы воды
|
ID
|
Название
|
Формула
|
Число копий
|
Комментарии
|
|
MN
|
MANGANESE (II) ION
|
MN 2+
|
4
|
ион марганца
|
|
PO4
|
PHOSPHATE ION
|
PO4 3-
|
2
|
фосфат-ион
|
|
ADN
|
ADENOSINE
|
C10 H13 N5 O4
|
2
|
аденозин
|
|
HOH
|
Вода
|
H2O
|
355
|
вода
|
Если кому-то интересно,то ниже привожу аминокислотную последовательность белка uSHA_ecoli в fasta-формате:
|
>bifunctional UDP-sugar hydrolase/5'-nucleotidase
MKLLQRGVALALLTTFTLASETALAYEQDKTYKITVLHTNDHHGHFWRNEYGEYGLAAQKTLVDGIRKEVAAEGGSVLLL
SGGDINTGVPESDLQDAEPDFRGMNLVGYDAMAIGNHEFDNPLTVLRQQEKWAKFPLL
SANIYQKSTGERLFKPWALFKRQDLKIAVIGLTTDDTAKIGNPEYFTDIEFRKPADEAKLVIQELQQTEKPDIII
AATHMGHYDNGEHGSNAPGDVEMARALPAGSLAMIVGGHSQDPVCMAAENKKQVDYVPGTPCKPDQQ
NGIWIVQAHEWGKYVGRADFEFRNGEMKMVNYQLIPVNLKKKVTWEDGKSERVLYTPEIAENQQ
MISLLSPFQNKGKAQLEVKIGETNGRLEGDRDKVRFVQTNMGRLILAA
QMDRTGADFAVMSGGGIRDSIEAGDISYKNVLKVQPFGNVVVYADMTGKEVIDYLTAVA
QMKPDSGAYPQFANVSFVAKDGKLNDLKIKGEPVDPAKTYRMATLN
FNATGGDGYPRLDNKPGYVNTGFIDAEVLKAYIQKSSPLDVSVYEPKGEVSWQ
|
Изображение цепи белка в остовной модели:
Малиновым цветом обозначены альфа - спирали,а желтым - бета-складки.
Характеристика вторичной структуры:
цепь белка имеет альфа-бета структуру. Количество альфа-спиралей: 45; бета-складок: 82; бета-поворотов: 109;водородных связей:720.
На рисунке остовные атомы серые, атомы кислорода показаны в виде красных шариков, а атомы азота - в виде синих шариков.
Взаимодействие цепи B белка с лигандом (ионом марганца):
Аминокислотные остатки,контактирующие с лигандом:
Asp 41
His 43
Asp 84
Asn 116
His 117
His 252
Gln 254
Критерий взаимодействия:расстояние не более 5.0 ангстрем
Если вас заинтересовал мой белок,то узнать больше о нем вы можете на следующих сайтах:
в банке SwissProt, пользуясь системами MRS
