Задание 1.
В записи 2B5A глутамин 21 цепи C имеет две альтернативные конформации, такие же глутамины трех других цепей - по одной конформации.Имеется файл 2B5A.omap с электронной плотностью и PDB-файл 2B5A.pdb
Рассмотрим 21 глутамин цепи C и поверхности уровней 1 и 0.5 электронной плотности в окрестности этого остатка.
Для этого выполним следующие команды:
load 2b5a.omap, 2b5a_omap load 2B5A.pdb, 2b5a_pdb hide all show sticks, byres c/21/ label c/21/, name set label_color, red set label_size, -0.5 isomesh new_map1, 2b5a_omap, 1.0, c/21/, 1 color green, new_map1 isomesh new_map2, 2b5a_omap, 0.5, c/21/, 1 ray png 2b5a_21_c.png
На картинке показаны обе конформации 21 глутамина цепи C и поверхности уровней 1 (обозначена зеленым цветом) и 0.5 (выделена белым цветом) электронной плотности в окрестности этого остатка.
Заметим, что в конформации В 21 глутамина цепи С плотность между атомами CG и CD меньше уровня 0.5.
Аналогично получаем изображение 21 глутамина цепи A и поверхности уровней 1 и 0.5 электронной плотности в окрестности этого остатка (снова зеленым обозначена поверхность уровня 1, а белым - поверхность уровня 0,5 электронной плотности).
Нетрудно заметить, что в боковой цепи основная электронная плотность стянута на атомы кислорода и азота (что вполне логично из-за их электроотрицательности).
Самую маленькую электронную плотность снова наблюдаем между атомами CG и CD.
Задание 2.
Для одного из больших аминокислотных остатков из моей структуры (1ho5)создадим изображение, демонстрирующее электронную плотность вокруг проволочной модели этого остатка (большими будем считать остатки, имеющие более четырех тяжелых атомов в боковой цепи).Мой выбор пал на 303 аргинин цепи А.
Как добыть файл с электронной плотностью?
Зайдем на сайт EDS (http://eds.bmc.uu.se/eds/) и найдем информацию о нужной записи PDB (1ho5).На странице с этой информацией в разделе Download выберем "Maps" и закажем карту в формате по умолчанию (O и 2mFo-DFc).
Для данного остатка (303 аргинина цепи А) были произведены следующие действия:
load 1ho5.omap, 1ho5_omap load 1ho5.pdb, 1ho5_pdb hide all show sticks, byres a/303/ set label_color, red set label_size, -0.5 isomesh new_map1, 1ho5_omap, 1.0, a/303/, 1 color yellow, new_map1 isomesh new_map2, 1ho5_omap, 0.5, a/303/, 1 set mesh_width, 0.6 ray png 1ho5_elektr_plotnost.png
На картинке изображен 303 аргинин цепи А и поверхности
уровней 1 (желтая) и 0.5 (белая) электронной плотности в окрестности этого остатка.