ВТОРОЙ СЕМЕСТР

Программы, с которыми мы работали:Internet Explorer, Word, Excel, GeneDoc, программы из пакета EMBOSS:needle, water, matcher, BLAST, ClustalW, Rasmol, ScanProsite.

При этом мы использовали следующие банки данных: Swiss-Prot, TrEMBL, UniProt и другие банки, которые находятся в системе банков данных SRS, а также PROSITE, Pfam , InterPro. Активно использовался сервер NCBI и система поиска биомедицинской научной литературы PubMed на нем (правда PubMed использовался больше для выполнения курсовой работы).
В течение семестра я научилась искать информацию о белках с помощью различных банков данных, выравнивать аминокислотные последовательности, строить матрицы переходных вероятностей замен аминокислотных остатков, пользоваться UNIXом, строить парные выравнивания с помощью программ из пакета EMBOSS, быстро искать последовательности в банках данных по гомологии с помощью программы BLAST, строить множественные выравнивания с помощью программы Clustal, анализировать расположение консервативных и диагностических позиций на трехмерной структуре с помощью Rasmol, строить паттерны для участков множественного выравнивания, а затем использовать их для поиска родственных белков, познакомилась с базами данных Pfam, PROSITE , InterPro, научилась искать "далеких" гомологов белка с помощью программы PSI-BLAST, строить матрицы переходов для глобального и локального выравнивания и т.д.

 

 

На заглавную страницу