Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.cmm.msu.ru/~lesiad/Term4/functions.html
Дата изменения: Wed Apr 1 00:17:56 2009
Дата индексирования: Tue Oct 2 11:20:58 2012
Кодировка: Windows-1251

Functions

Функции генов и их продуктов. Онтологии, GO

Поиск нужного термина в словарях GO

Заданный мне белок из организма Bos taurus (дикий бык-тур) располагается в ЭПР. Поэтому для поиска по GO использовался термин endoplasmic reticulum.

Данные по термину:

-- заданное описание локализации - эндоплазматический ретикулум

-- выбранный термин GO и его идентификатор - endoplasmic reticulum, GO:0005783

-- название онтологии GO и его перевод на русский - cellular component, компонент клетки

-- определение термина (в переводе на русский): мембранная сеть, видимая только в электронный микроскоп, встречающаяся в цитоплазме многих эукариотических клеток. Мембраны формирмируют комплекс трубчатых каналов ячеистой структуры, которые часто расширяются в щелеподобные полости, называемые цистернами. ЭПР обычно представлен в двух формах: шероховатый, или гранулярный, ретикулум, к внешней стороне которого могут прикрепляться рибосомы, и гладкий, агранулярный, не имеющий на своей поверхности рибосом.

Описание функции конкретного белка с помощью терминов GO

Данные по последовательности AC Q9C0K7 (ID STRAB_HUMAN).

Определение функций белка с помощью GO.

Онтология GO (название словаря) Количество ассоциированных терминов GO Краткий ответ на вопрос

Где? Component 2 в цитоплазме
в ядре

Зачем, для чего? Function 2 связывание АТФ
протеинкиназная активность

Молекулярный механизм? Process 4 включение протеинкиназной активности
клеточный цикл
фосфорилирование аминокислот
транспорт белков из ядра

Создание больших выборок белков с определенными функциями (поиск по идентификаторам GO в UniProt с помощью SRS)

Протеом организма Bos taurus. Результаты поиска в UniProt, 28.03.2009 г.

	Количество записей	Запрос
Всего из данного организма	739	(([swissprot-OrganismHostName:Bos] & [swissprot-OrganismHostName:taurus]) \| [swissprot-OrganismHostName:Bos taurus*])
С идентификаторами всех трех онтологий GO	160	((([swissprot-DBxref_:c:] & [swissprot-DBxref_:f:]) & [swissprot-DBxref_:p:]) & (([swissprot-OrganismHostName:Bos] & [swissprot-OrganismHostName:taurus]) \| [swissprot-OrganismHostName:Bos taurus]))
В том числе c:endoplasmic reticulum	9	((([swissprot-DBxref_:c:endoplasmic] & [swissprot-DBxref_:reticulum]) \| [swissprot-DBxref_:c:endoplasmic reticulum]) & (([swissprot-OrganismHostName:Bos] & [swissprot-OrganismHostName:taurus]) \| [swissprot-OrganismHostName:Bos taurus]))
В том числе те, у которых встречается *хотя бы один раз* самое хорошее доказательство функции (коды EXP, IDA или TAS)	0	(((([swissprot-DBxref_:c:endoplasmic] & [swissprot-DBxref_:reticulum]) \| [swissprot-DBxref_:c:endoplasmic reticulum]) & ([swissprot-DBxref_:exp] \| [swissprot-DBxref_:ida] \|[swissprot-DBxref_:tas])) & (([swissprot-OrganismHostName:Bos] & [swissprot-OrganismHostName:taurus]) \| [swissprot-OrganismHostName:Bos taurus*]))
В том числе *только* с самыми хорошими доказательствами функции (коды только EXP, IDA или TAS)	0

Функции белков данной группы аннотированы достаточно плохо. Во-первых, их всего 9 из 739, известных в организме. Во-вторых, ни для одного из этих 9 белков ни разу не встречается самое хорошее доказательство функций - для всех их просто Inferred from Electronic Annotation.

Описание функции белка в БД EcoCyc

Описание функции белка с помощью терминов GO
Данные по последовательности AC P0A6B7 (ID ISCS_ECOLI).

	Онтология GO (название словаря)	Количество ассоциированных терминов GO	Краткий ответ на вопрос	Данные EcoCyc
Где?	Component	1	в цитоплазме
Зачем, для чего?	Function	3	цистеин десульфураза связывание белков связывание пиридоксин фосфата	цистеин десульфураза, катализирующая превращение цистеина в аланин и серу починка Fe-S кластеров
Молекулярный механизм?	Process	2	метаболизм цистеина процессинг тРНК	обеспечивает наличие серы для модификаций тРНК

Главная страница
К работам четвертого семестра