первый семестр

Изображение области связывания ДНК с ДНК-полимеразой I.

Слева изображена зона контакта ДНК-полимеразы с белком ДНК-полимеразой I. Фиолетовым цветом (magenta) покрашена сама ДНК. Вокруг нее 19 амнокислотных остатков. Две из них (отмечены на картинке как оранжевая AA1(глутамин — 419а.о.) и синяя AA2 (лейцин — 361a.o.) были отобраны мной ранее для проекта генно-инженерного эксперимента. Остальные аминокислотные остатки раскрашены в зеленый (часть остатка, находящаяся в 4.5Å окрестности) и красный цвета (участки, выходящие из этой окрестности). При выделении области контакта я поступил следующим образом: Покрасил ДНК. Увеличил изображение. Выделил ее 4.5Å окрестность, определил, какие аминокислоты в нее входят. Изобразил ДНК в проволочной модели. Участки амнокислотных остатков в 4.5Å окрестности изобразил в шариковой модели.

Описание плана проекта генно-инженерного эксперимента.

1. Список аминокислотных остатков, контактирующих с молекулой ДНК (можно увидеть в файле 1kfs_DPO1_ECOLI_DNA).(они как раз изображены на рисунке сверху).
   • 355А - Аспарагиновая кислота;
   • 357А - Глутаминовая кислота;
   • 358А - Треонин;
   • 360А - Серин;
   • 361А - Лейцин;
   • 419А - Глутамин;
   • 420А - Аспарагин;
   • 422А - Лизин;
   • 423А - Тирозин;
   • 455А - Аргинин;
   • 457А - Аспарагиновая кислота;
   • 458А - Метионин;
   • 473А - Фенилаланин;
   • 474А - Глутаминовая кислота;
   • 486А - Фенилаланин;
   • 497А - Тирозин;
   • 501А - Аспарагиновая кислота;
   • 658А - Серин;
   • 660А - Гистидин.
2. Замена аминокислотного остатка белка, которая может привести к потере способности связываться с ДНК. Я решил предположить замену глутамина(419А) на аланин.
3. Замена аминокислотного остатка белка, которая не должна серьезно влиять на способность связывания DNA-polymerase I с DNA. Здесь, я думаю, вполне разумно заменить лейцин(361А) на изолейцин.
   Обоснование проекта генно инженерного эксперимента

©Евгений Леушкин