Локализация белка (из таблицы) — аппарат Гольджи.
По фразе Golgi apparatus найдено 6 терминов.
Терминов, отвечающих клеточной структуре: 2.
Из них только термин с accession GO:0005794 содержит полное описание органоида.
Название онтологии — клеточный компонент (ответ на вопрос где?). По-русски можно назвать клеточный компонент, но в общем случае cellular component может обозначать и межклеточное вещество.
Термин аппарат Гольджи имеет с родоначальным термином cellular component такую связь:
клеточный компонент (объяснение функции через локализацию)
в клетке (частный случай: именно клетка, а не клеточный компнент)
в части клетки внутриклеточный (частный случай части клетки) внутриклеточный компонент цитоплазма (а не ядро, например) компонент цитоплазмы аппарат Гольджи | Определение (definition): сложный мембранный органоид эукариотических клеток, состоящий из плоских везикул без рибосом, имеет более-менее регулярную структуру. Аппарат Гольджи отличается от ЭПР, часто имея более толстые мембраны, представленные секциями в форме характерных полукругов, так что проксимальная (или цис-сторона) соприкасается с ЭПР, а секреторные везикулы отщепляются с дистальной (транс-стороны). На клетку позвоночного приходится обычно один такой органоид, тогда как в беспозвоночных и растениях, где их обычно называбт диктиосомами, может быть рзбросан по цитоплазме. В аппарате Гольджи происходит модификация белков, синтезированных на рибосомах шероховатого ЭПР; этот процесс включает присоединение олигосахаридов и образование гликопротеинов, сортировку и упаковку белков для транспорта в разные участки клетки. Основываясь на функции и структуре, выделяют три части аппарата Гольджи: цис, транс и промежуточную, лежащую между двумя предыдущими. |
| Онтология GO (имя) | Количество ассоциированных терминов GO | Краткий ответ на вопрос | |
|---|---|---|---|
| Где? | Клеточный компонент (component) | 2 (ссылок 3) | Внутри клетки, в цитоплазме. |
| Зачем, для чего? | Биологический процесс (process) | 3 (ссылок 5) | Репликация ДНК, репарация ДНК и участи в клеточном ответе на повреждения ДНК. |
| Молекулярный механизм? | Молекулярная функция (function) | 7 (ссылок 7) | Обладает полимеразной активностью (способен наращивать цепь ДНК). Имеет как 3'-5' так и 5'-3' экзонуклеазные активности (частные случаи экзонуклеазной активности, которая в свою очередь является частным случаем гидролазной). Это напрямую связано с нуклеотидилтрансферазной активностью (отщепленные нуклеотиды нужно куда-то девать). |
| Специфичность? | Молекулярная функция (function) (В GO нет отдельной онтологии для специфичности) | 5 (ссылок 11) | Белок не обладает специфичностью в смысле связывания с ДНК. Связыается с ДНК, как и многие другие белки, с помощью HhH мотива независимо от последовательности нуклеотидов. (GO:0043565 с ссылкой на IPR003583). Но отвечая на вопрос "с чем?", говорим с ДНК (а не с РНК), а это и есть вопрос о специфичности. Связывается с регулятором транскрипции cueR (получено из эксперимента по физическому взаимодействию белков — IPI). |
Практически все данные указаны по результатам электронной аннотации (IEA). Ссылка на оригинальную статью (IDA) есть только для GO:0005737 (в числе цитоплазматических белков E. coli был выделен и DPO1). Остальные ссылки даны на базы данных InterPro и UniProt. Вопрос о специфичности звучит несколько двусмысленно: с одной стороны связывание с ДНК дает информацию о специфичности (именно с ДНК), а с другой — неспецифическое (в не зависимости от последовательности действие белка. Но во втором случае это уже не имеет отношение к одной из четырех онтологий функции.
| Количество записей | Запрос | |
| Всего (поиск по всему протеому Saccharomyces cerevisiae) | 7472 | (([uniprot-Organism:Saccharomyces*] & [uniprot-Organism:cerevisiae*]) | [uniprot-Organism:Saccharomyces cerevisiae*]) |
| С идентификаторами GO. | 5624 | ((([uniprot-Organism:Saccharomyces*] & [uniprot-Organism:cerevisiae*]) | [uniprot-Organism:Saccharomyces cerevisiae*]) & [uniprot-DBxref_:GO:*]) |
| С идентификаторами всех 3-х онтологий GO (В UniProt онтологии обозначаются буквенно: процесс — P (Process), функция — F (Function), компонент — C (Component). | 3333 | ((([uniprot-Organism:Saccharomyces*] & [uniprot-Organism:cerevisiae*]) | [uniprot-Organism:Saccharomyces cerevisiae*]) & (((([uniprot-DBxref_:GO:*] & [uniprot-DBxref_:F:*]) & [uniprot-DBxref_:C:*]) & [uniprot-DBxref_:P:*]) | [uniprot-DBxref_:GO: F: C: P:*])) |
| С идентификаторами всех 3-х онтологий GO в аппарате Гольджи. | 177 | (((([uniprot-Organism:Saccharomyces*] & [uniprot-Organism:cerevisiae*]) | [uniprot-Organism:Saccharomyces cerevisiae*]) & (((([uniprot-DBxref_:GO:*] & [uniprot-DBxref_:F:*]) & [uniprot-DBxref_:C:*]) & [uniprot-DBxref_:P:*]) | [uniprot-DBxref_:GO: F: C: P:*])) & ((([uniprot-DBxref_:GO:*] & [uniprot-DBxref_:C:*]) & [uniprot-DBxref_:*Golgi*]) | [uniprot-DBxref_:GO C: *Golgi*])) |
| С идентификаторами хотя бы одной из онтологий (в нашем случае С) и в аппарате Гольджи. | 235 | ((([uniprot-Organism:Saccharomyces*] & [uniprot-Organism:cerevisiae*]) | [uniprot-Organism:Saccharomyces cerevisiae*]) & ((([uniprot-DBxref_:GO:*] & [uniprot-DBxref_:C:*]) & [uniprot-DBxref_:*Golgi*]) | [uniprot-DBxref_:GO: C: *Golgi*])) |
| С идентификаторами всех 3-х онтологий GO, в аппарате Гольджи и только с самыми хорошими доказательствами функции (коды только IDA или TAS) | 13 | ((((([uniprot-Organism:Saccharomyces*] & [uniprot-Organism:cerevisiae*]) | [uniprot-Organism:Saccharomyces cerevisiae*]) & ((([uniprot-DBxref_:GO:*] & [uniprot-DBxref_:C:*]) & [uniprot-DBxref_:*Golgi*]) | [uniprot-DBxref_:GO: C: *Golgi*])) & ((((((((((((([uniprot-DBxref_:IDA:*] | [uniprot-DBxref_:TAS:*]) ! [uniprot-DBxref_:IEA:*]) ! [uniprot-DBxref_:IEP:*]) ! [uniprot-DBxref_:IGI:*]) ! [uniprot-DBxref_:IMP:*]) ! [uniprot-DBxref_:IPI:*]) ! [uniprot-DBxref_:ISS:*]) ! [uniprot-DBxref_:NAS:*]) ! [uniprot-DBxref_:ND:*]) ! [uniprot-DBxref_:RCA:*]) ! [uniprot-DBxref_:NR:*]) ! [uniprot-DBxref_:IGC:*]) ! [uniprot-DBxref_:IC*])) & (((([uniprot-DBxref_:GO:*] & [uniprot-DBxref_:C:*]) & [uniprot-DBxref_:F:*]) & [uniprot-DBxref_:P:*]) | [uniprot-DBxref_:GO: C: F: P:*])) |
| С идентификаторами всех 3-х онтологий GO, и в аппарате Гольджи и у которых встречается хотя бы один раз самое хорошее доказательство функции (коды только IDA или TAS) | 160 | (((([uniprot-Organism:Saccharomyces*] & [uniprot-Organism:cerevisiae*]) | [uniprot-Organism:Saccharomyces cerevisiae*]) & ((((([uniprot-DBxref_:GO:*] & [uniprot-DBxref_:F:*]) & [uniprot-DBxref_:C:*]) & [uniprot-DBxref_:*Golgi*]) & [uniprot-DBxref_:P:*]) | [uniprot-DBxref_:GO: F: C: *Golgi* P:*])) & ([uniprot-DBxref_:IDA:*] | [uniprot-DBxref_:TAS:*])) |
Для запросов использовалось слово Golgi, так как принадлежность к органоиду часто обозначается просто одним словом Golgi, так как при запросе Golgi apparatus не будут найдены, например, белки, участвующие в везикулярном транспорте (белки везикул постоянно циркулируют между мембранами аппарата Гольджи и другими мембранами (например, заменив *Golgi* на GO:0005794, получим всего 33 записи). Но и лишнего ничего не будет найдено, так как никаких других структур Гольджи у дрожжей нет.
Чтобы не находить ненужных находок типа ген IDA, нужно проверить индексы. Если имеется ввиду доказательство, то всегда ставится двоеточие после кода. Таким способом можно избежать случайных находок.
Во-первых, идентификаторы GO есть только у 2/3 белков Saccharomyces cerevisiae. То есть даже первый этап приписания функции еще не окончен. Около 2/3 c идентификаторами GO имеют все три онтологии. С аппаратом Гольджи все те же 2/3: из 235, кто имеет хотя бы один идентификатор GO, только 165 имеют все три. Но зато из этих 177 в 160 есть хотя бы один идентификатор IDA или TAS, дающие практически полностью уверенность в белке. Но в целом, работы еще очень много, так как с самыми хорошими доказательствами функции для белков из аппарата Гольджи нашлось только 13 белков (при поиске последней группы запрещали записи со всеми свидетельствами, кроме IDA и TAS).
©Леушкин Евгений.