Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.cmm.msu.ru/~lilu/term3/protocol3/protocol3.html
Дата изменения: Tue Dec 12 16:56:58 2006
Дата индексирования: Tue Oct 2 19:03:45 2012
Кодировка: Windows-1251
MEGABLAST На главную

Поиск сходных нуклеотидных последовательной, не кодирующих белки.



Поиск тРНК использованной рибосомой при присоединении 4-ого аминокислотного остатка к растущей цепи белка GABT_ECOLI.


Было определено, какой аминокислотный остаток находится в 4-ой позиции моего белка. Это Аспарагин(N). Определен соответствующий ему кодон в гене моего белка. При записи кодона в таблицу использовны 'U' и правило 5'>3'. С помощью таблицы стандартного генетического кода определена возможная вырожденная позиция в данном кодоне. Она выделена подчеркиванием. В поле "Идеальный антикодон" записана последовательность "идеального" (т.е. полностью комплементарного) антикодона, используя 'U' и правило 5'>3'. Вырожденная позицая подчеркнута. В рабочую директорию был скопирован файл с аннотированным геномом E.coli. С помощью команды grep в этой записи найдены строчки, в которых одновременно, но не подряд, встречаются слово codon и asparagine, выводы перенаправлены в файл. Определено, сколько разных тРНК использует E.coli для данного аминокислотного остатка. Из них выбрана та тРНК, которая подходит в данном случае(с кодоном и антикодоном ) и получена ее последовательность с помощью программы seqret пакета EMBOSS, установленного на kodomo-count.

Таблица 1. Выбор т-РНК.

Аминокислотный остаток в 4-ой позиции белка GABT_ECOLI N
Соответствующий кодон в гене gabT 5'-AAC-3'
Идеальный антикодон 5'-GUU-3'
Сколько можно было бы ожидать разных тРНК для остатка N, если опираться на генетический код? 2
Сколько разных тРНК для остатка N аннотировано в геноме кишечной палочки? 1
Характеристика выбранной для дальнейшего изучения тРНК:
имя гена asnT
локализация гена в геноме Локус b1977. 2042573..2042648
распознаваемый кодон 5'-AAY-3'
антикодон 5'-GUU-3'

Результат поиска всех аспарагиновых тРНК у Escherichia coli K-12:

46534:FT                   /note="codons recognized: AAY; anticodon: GUU asparagine
46720:FT                   /note="codons recognized: AAY; anticodon: GUU asparagine
46757:FT                   /note="codons recognized: AAY; anticodon: GUU asparagine
46822:FT                   /note="codons recognized: AAY; anticodon: GUU asparagine

Поиск гомологичных тРНК в родственном геноме.

Поставленная задача - найти в геноме Bacillus subtilis последовательность, наиболее похожую на последовательность тРНК из E.coli, выбранную в упр. 1. Поиск необходимо провести с помощью 4-х разных программ для быстрого поиска сходных нуклеотидных последовательностей - FASTA, BLASTN, MegaBLAST, discontiguous MegaBLAST.



Таблица 2. Поиск гомологичной т-РНК.

Программа FASTA BLASTN MegaBLAST discontiguous MegaBLAST
Длина якоря 6 нуклеотидов 11 нуклеотидов 28 нуклеотидов 11 или 12 нуклеотидов
Результаты поиска Приведено 4 выравнивания
 Приведено 9 выравниваний
 Нет результатов
 Приведено 2 выравнивания
Число находок с E-value < 0,01 2 6 Нет результатов 0
Характеристика лучшей находки:
      E-value 4.4*10-8 0.21 Нет результатов 3.2
      длина выравнивания 65 нуклеотидов 15 нуклеотидов Нет результатов 17 нуклеотидов
      вес выравнивания 45.2 30.2 Нет результатов 26.3
      координаты в геноме 11466-11530 39866-39880 Нет результатов 52409-52425
Аннотация лучшей находки по записи EMBL:
      имя гена yxxG pksN Нет результатов Не удалось найти
      это тРНК? Не известно Нет Нет результатов Не известно
это тоже аспарагиновая тРНК? Не известно Нет Нет результатов Не известно

Программа megaBLAST дала самый плохой результат — его отсутсвие. Это связано с тем что она имеет самый длинный якорь — 28 нуклеотидов. А вероятность того что на протяжении 28 нуклеотидов последовательности будут полностью идентичны очень низкая. Программа discontigous MegaBLAST тоже показала неудовлетворитель результаты. При поиске программой FASTA удалось получить только две находки с E-value меньше 0.01. Найденный участок — кусочек гена кодирующего тРНК, но не валиновую. Лучший результат показала программа BLASTN, число находок при поиске с ее помошью, имеющих E-value меньше чем 0.01 — 6.




©Ненчук Спартак