Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.cmm.msu.ru/~loontic/Term2/Practice12/protocol.html
Дата изменения: Wed May 21 15:17:09 2008
Дата индексирования: Mon May 26 17:27:51 2008
Кодировка: Windows-1251
Term2/task12(Pfam, InterPro), 2007

Самый простой способ создать отчет в формате HTML —
это скопировать страничку задания, а затем ее отредактировать, как я и сделала!

Занятие 12. Семейства доменов

Упражнение 1. Используя ресурсы БД Pfam опишем доменную организацию заданного белка.

Внимание! Рассматриваем домены только из PfamA.

Доменная организация белка GLYA_ECOLI

  • Картинка со схематическим изображением доменной структуры GLYA_ECOLI

  • Картинка с доменами, отмеченными на пространственной структуре GLYA_ECOLI (1dfo),показывает структуру серин-гидроксиметилтрансферазы в комплексе с глицином и 5-формил-тетрагидрофолатом. Зеленым цветом показан домен каждой из 4-х цепей, серым цветом - остальные участки цепей.

  • Домены в последовательности GLYA_ECOLI
    Идентификатор Pfam
    Название записи
    Полное название домена
    Положение в последовательности GLYA_ECOLI
    PF00464
    SHMT
    Серингидроксиметилтрансфераза
    8-386

Описание N-концевого домена белка GLYA_ECOLI

  • Краткая характеристика домена PF00464
  • .Серингидроксиметилтрансфераза - PLP-зависимый белок, который относится к супер-семейству аспартатовых аминотрансфераз. Пиридоксаль-Р группа, взаимодействует с лизином, вокруг которого последовательность наиболее консервативна во всех разновидностях белка. Белок выполняет взаимное преобразование серина и глицина, используя PLG как кофактор. SHMT катализирует перенос гидроксометил группы от N5,N10-метилен-тетрагидрофолата к глицину, приводя к формированию серина и тетрагидрофолата.
  • Организмы, в которых найдены белки с доменoм PF00464.
    Таксон
    Количество белков с доменом PF00464
    Эукариоты Растения  48
    Грибы  48
    Животные  53
    Бактерии  Aquificae  1
     Actinobacteria  62
     Bacteroidetes  16
     Proteobacteria  421
     Planctomycetes  2
     Spirochaetes  9
     Chloroflexi  7
     Firmicutes  127
     Cyanobacteria  28
     Chlamydiae  10
     Acidobacteria  2
     Thermotogae  4
     Deinococcus-Thermus  4
     Chlorobi  10
    Археи  Crenarchaeota  9
     Euryarchaeota  30
  • Получены ответы на следующие вопросы:
    • всего известно 932 белка с доменами PF00464
    • чаще домен PF00464 — единственный домен в белке (930 последовательностей из 932-х)
    • случаи дупликации домена PF00464 не известны
    • случаи перестановки 2-х доменов местами, если один из них PF00464 не известны
    • известно 3 типа доменной организации в белках, содержащих PF00464(SHMT):
      • 930 последовательностей содержат только домен SHMT.

      • 1 последовательность (QOGPG8_SOYBN) содержит участок домена bZIP_1(108-139 a.o.) и участок домена SHMT(159-196 a.o.)

      • 1 последовательность (Q5BOU5_EMENI) содержит домен SHMT(45-449 a.o.), участок домена MOSC_N(574-611 a.o.), домен MOSC (821-964 a.o.) и домен Patatin (1049-1314 a.o.)

Упражнение 2. Мотивы в аминокислотной последовательности GLYA_ECOLI по данным БД InterPro

Структурные мотивы не рассматриваем!!
  • Картинка с изображением всех подписей в белке.

  • Мотивы в белке Glya_Ecoli по данным БД InterPro
    Название подписи
    Положение в последовательности GLYA_ECOLI
    Полное название базы данных
    * Название организации, поддерживающей данную БД.
    * Город и страна
    SHMT
    8-386
    Pfam

     

    Wellcom Trust Sunger Institute

    Stockholm Bionformatic Centre (SBC)

    Howard Hughes Medical Institute (HHMI)Janelia Farm

    Korean Institute of Science and Technology Information

    Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)

    Кембридж, Великобритания

    Стокгольм, Швеция

    Вашингтон, США;

    Сеул,Северная Корея

    Париж, Франция

    SHMT
    1-417
    PIRSF (Protein Information Resourse)

    Georgetown University Medical Center (GUMC)

    MRC Laboratory of Molecular Biology

    European Bioinformatics Institute

    Вашингтон, США

    Кембридж, Великобритания

    Хинкстон, Великобритания

    SHMT
    221-237
    PROSITE pattern
    Swiss Institute of Bioinformatics
    Женева, Швейцария
    Gly_HO-Metrfase
    10-416
    PANTHER
    SRI International
    Менло-парк, США
    PyrdxlP-dep_Trfase_major_sub1
    37-289
    Gene3D
    University College London
    Лондон, Великобритания
    PyrdxlP-dep_Trfase_major
    8-416
    Superfamily

    MRC Laboratory of Molecular Biology

    University of California Santa Cruz

    University of Bristol

    Stanford University

    University of Texas at Austin

    Кембридж, Великобритания

    Санта-Крус, США

    Бристоль, Англия

    Стендрорд,США

    Остин, США

<Второй семестр

<<Главная страница


©ХАЧАТРЯН ЛУСИНЕ, 2007