Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.cmm.msu.ru/~lu.andreeva/pfam.html
Дата изменения: Wed Apr 21 12:17:27 2010
Дата индексирования: Tue Oct 2 01:29:15 2012
Кодировка: Windows-1251
БД Pfam, InterPro

Учебный сайт Люды Андреевой

Исследование доменной структуры белка ACEA_ECOLI

Доменная структура белка ACEA_Ecoli по данным Pfam
Cхема из Pfam:
Пояснения к схеме
? Pfam AC Pfam ID Полное название семейства домена Положение в последовательности белка ACEA_Ecoli Клан
1. PF00463 ICL  Изоцитратная лиаза, катализирующая превращение
изоцитрата в сукцинат и глиоксилат. 		7-259 Клан PK_TIM (CL0151),
содержит 6 семейств,
функции известны
2. PF00463 ICL  Изоцитратная лиаза, катализирующая превращение
изоцитрата в сукцинат и глиоксилат.		 255-434 Клан PK_TIM (CL0151),
содержит 6 семейств,
функции известны

Выравнивание-затравка (seed) для N-концевого домена белка записано в файле:PF00463_seed.msf.

Сравнение описания доменной структуры в Pfam с описанием в других БД

Идентификатор UniProt белка ACEA_ECOLI: P0A9G6.
В InterPro найдено 8 подписей (signatures), 7 из которых имеют InterPro ID (интегрированы в БД).
Для сравнения с описанием Pfam я выбрала запись:
InterPro ID - IPR015813;
Data base - CATH (Protein Structure Classification);
Эта запись содержит всего один домен, в то время как Pfam говорит о наличии дуплицированного домена (два одинаковых домена):

Сопоставление доменной структуры с 3D структурой белка ACEA_ECOLI

В банке даннных Pfam не нашлось структуры, содержащей сразу 2 домена. 3D структура была найдена в банке PDB. На рисунке представлена цепь А белка, домены покрашены: первый (7-259) - зеленым, второй (255-434) - желтым:


Домены Pfam действительно соответствуют структурным доменам, однако, на мой взгляд, структурные домены выделяются слабо, т.к. структура целиком достаточно компактна.

Исследование эволюции отдельных доменов

Домен PF00463 встречается в 529 видах.

Представленность домена PF00463 в организмах разных видов
Таксон
Количество белков с доменом PF00463.
Эукариоты Зеленые растения (Viridiplantae) 82
Грибы (Fungi) 198
Животные (Metazoa) 7
Остальные эукариоты 30
Бактерии 1347
Археи 49

Домен не очень распространен, во многих классах он встречается только в 1 виде. Однако домен представлен во всех царствах, наибольшим образом - в бактериях.

Представленность изучаемых доменов в белках Escherichia coli (strain K12)
Домен PF00463

? PFAM ID Количество белков в Escherichia coli (strain K12)
1. ICL 2

В кишечной палочке данный домен ICL встретился лишь дважды, причем один раз - в исследуемом белке. В белке PRPB_ECOLI, метилизоцитратной лиазе, данный домен встретился только один раз. Несмотря на большое количество белков с доменом ICL в бактериях, в отдельно взятой кишечной палочке штамма К12 он встречается крайне редко.

Доменные перестройки

Многие белки состоят только из повторений домена PF00463, как ACEA_ECOLI, но существует и множество таких, в которых исследуемый домен сочетается с другими и образует доменные перестройки - всего 12.
Искомый домен (на рисунках показан зеленым) может располагаться ближе к С-концу:
Q2IDV8_ANADE:
Ближе к N-концу:
GCP_CAEEL:
Он может вплотную прилегать к другому домену:
C0UG04_9ACTO:
Или находиться с ним на разных концах белка:
A9EXQ4_SORC5:
Кроме того, домен может быть дуплицирован в белке 2-3 раза, как, например, в искомом белке ACEA_ECOLI.

©Andreeva_2010