Работа в командной строке Linux. Программы выравнивания последовательностей пакета EMBOSS.

Linux

Глобальное оптимальное выравнивание

Частичное (локальное) оптимальное выравнивание

Сравнение полученных выравнивания

• есть ли хотя бы один пример того, что одной и той же позиции первой последовательности в разных глобальных выравниваниях сопоставлены разные позиции второй последовательности?
  -Да, в первом выравнивании 130 позиции белка CISY_ECOLI (аминокислота - H) соответствует 89 позиция белка CISY2_BACSU. Два фрагмента последовательности выровнены с использованием гэпов, во втором случае, так как штрафы за гэпы возросли, и выравнивание этих участков оказалось невыгодным.
  Выравнивание с параметрами по умолчанию:
  
  Выравнивание с удвоенными штрафами за гэпы:
  
• есть ли хотя бы один пример того, что одной и той же позиции первой последовательности в разных локальных выравниваниях сопоставлены разные позиции второй последовательности?
  -Да
  Выравнивание с параметрами по умолчанию:

            51                                             100
  CISY_ECOLI  PTQEQYDEFKTTVTRHTMIHEQITRLFHAFRRDS.HPMAVM...CGITGA
  CISY2_BACSU PNKKELEELKQQLAKEAAVPQEIIEHFKSYSLENVHPMAALRTAISLLGL
  

  Выравнивание с удвоенными штрафами за гэпы:

   
             51                                             100
  CISY_ECOLI  QITRLFHAFRRDSHPMAVMCGITGALAAFYHDSLDVNNPRHREIAAFRLL
  CISY2_BACSU EIIEHFKSYSLENVHPMAALRTAISLLGLLDSEADTMNPEANYRKAIRLQ
  

• есть ли хотя бы один пример того, что в одном глобальном выравнивании какой-либо позиции первой последовательности сопоставлена некоторая позиция второй, а в другом выравнивании против той же позиции оказался пропуск?
  -Да. В локальном выравнивании в этой же позиции наблюдается тоже самое (см. следующий вопрос)
  Выравнивание с параметрами по умолчанию:

             101                                            150
  CISY_ECOLI  YDEFKTTVTRHTMIHEQITRLFHAFRRDS.HPMAVM...CGITGALAAFY
  CISY2_BACSU LEELKQQLAKEAAVPQEIIEHFKSYSLENVHPMAALRTAISLLGLL....
  

  Выравнивание с удвоенными штрафами за гэпы:

   
             101                                            150
  CISY_ECOLI  YDEFKTTVTRHTMIHEQITRLFHAFRRDSHPMAVMCGITGALAAFYHDSL
  CISY2_BACSU LEELKQQLAKEAAVPQEIIEHFKSYSLENVHPMAALRTAISLLGLLDSEA
  

• есть ли хотя бы один пример того, что в одном локальном выравнивании какой-либо позиции первой последовательности сопоставлена некоторая позиция второй, а в другом выравнивании против той же позиции оказался пропуск?
  -Да, в первом локальном выравнивании против аланина в 97 позиции белка CISY_ECOLI мы видим гэп. Во втором выравнивании (там, где штрафы за гэпы удвоены) против этой же позиции стоит лейцин.
  

  Выравнивание с параметрами по умолчанию:
             101                                            150
  CISY_ECOLI  LAAFYHDS.LDVNNPRHREIAAFRLLSKMPTMAAMCYKYSIGQPFVYPRN
  CISY2_BACSU L.....DSEADTMNPEANYRKAIRLQAKVPGLVAAFSRIRKGLEPVEPRE
  

  Выравнивание с удвоенными штрафами за гэпы:

   
             51                                             100
  CISY_ECOLI  QITRLFHAFRRDSHPMAVMCGITGALAAFYHDSLDVNNPRHREIAAFRLL
  CISY2_BACSU EIIEHFKSYSLENVHPMAALRTAISLLGLLDSEADTMNPEANYRKAIRLQ
  

• соответствуют ли оптимальные локальные выравнивания, построенными с использованием разных параметров, одним и тем же фрагментам последовательностей?
  -Нет, фрагмент выравнивания с обычными параметрами длиннее фрагмента, выданного water c удвоенным весом на 29 остатков в начале.

   
          1                                               
  CISY_ECOLI  LLHRGFPIDQLATDSNYLEVCYILLNGEK
  CISY2_BACSU LTYVGYDIDDLTENASFEEIIYLLWHLRL
  

• совпадают ли локальные выравнивания с соответствующими частями глобальных выравниваний?
  -Для обычных параметров - нет:
  Участок глобального выравнивания:
  ,
  Участок локального выравнивания:
  ,
  В обведенном участке последовательности выровнены по-разному для разных параметров.
  
  -Для удвоенных - да.
  Назад