Функции генов и их продуктов. Онтологии, GO

Главный сайт консорциума GO http://www.geneontology.org

Поисковая система SRS http://srs.ebi.ac.uk/

Задание 1. Поиск нужного термина в словарях GO

Дано: описание локализации белка - митохондрия. Найти: наиболее подходящий термин GO.

Результат:

• заданное описание локализации - митохондрия(в строку поиска ввела "mitochondria" );
• выбранный термин GO - "mitochondrion" ,его идентификатор - 0005739;
• название онтологии GO - "cellular component", что в переводе на русский означает "компонент клетки";
• определение термина: Митохондрия - полуавтономная, самовоспроизводящаяся органелла, которая встречается в различных количествах, формах и размерах в цитоплазме практически всех эукариотических клеток.В частности является местом осуществления тканевого дыхания.

 

Задание 2.Описание функции конкретного белка с помощью терминов GO

Заданный белок - CCL2_HUMAN (AC:P13500) Была получена полную запись банка Swiss-Prot, описывающую последовательность белка человека. В поле DR найдите и проанализируйте строки, посвященные терминам GO, ассоциированным с данной записью UniProt. По этим данным опишите функцию заданного белка в таблице следующего вида:

	Онтология GO (название словаря)	Количество ассоциированных терминов GO	Краткий ответ на вопрос
Где?	cellular component (клеточный компонент)	1	Располагается во внеклеточном простарнстве
Зачем, для чего?	biological process (биологический процесс)	14	Белок помогает клетке осуществлять имунный ответ, т.е. защищает ее от воздействия вредных веществ и микроорганизмов и предотвращать механизмы способствующие апоптозу
Молекулярный механизм	molecular function (молекулярная функция)	4	При наличии угрожающего фактора изучаемые белки-хемокины, находящиеся во внеклеточной жидкости связываются соспецифическими рецепторами. Далее сигнал от рецепторов передается внутрь клетки за счет вторичных белков-посредников. Этот процесс осуществляется путем химической реакции фосфорилирования аминокислотных остатков в белках посредниках.
Специфичность	molecular function (молекулярная функция)	1	Связываются исключительно с хемокиновыми рецепторами

Задание 3.

Задача: оценить, насколько хорошо аннотированы в UniProt функции белков группы, заданной организмом - Sus scrofa и местом локализации - митохондрия.

Протеом организма Sus scrofa. Результаты поиска в UniProt, 29.03.2009 г.

	Количество записей	Запрос
Всего из данного организма	1343	Organism name - Sus scrofa
С идентификаторами всех трех онтологий GO	868	Organism name - Sus scrofa, Links:DBxref - GO:&P:&F:&C:
В том числе в митохондриях Sus scrofa	13	Organism name - Sus scrofa, Links:DBxref - GO:&P:&F:&C: , Organelle - mitochondrion
В том числе те, у которых встречается хотя бы один раз самое хорошее доказательство функции (коды EXP, IDA или TAS)	0	Organism name - Sus scrofa, Links:DBxref - GO:&P:&F:&C:|EXP:|IDA:|TAS: , Organelle - mitochondrion
В том числе только с самыми хорошими доказательствами функции (коды только EXP, IDA или TAS)	0	-

Вывод: Функции белков заданной группы аннотированы плохо, доказательством тому свидетельствует полное отсутствие записей, у которых встречается хотя бы 1 раз самое хорошее доказательство функции.

 

<<Обратно на главную страницу

<<Обратно на четвертый семестр