EC/KEGG

 
белок RHAA_Ecoli:
EC=5.3.1.14
5 - изомераза, 3 - внутримолекулярная оксидоредуктаза, 1 - взаимное превращение альдоз/кетоз, 14 - изомераза L-рамнозы
реакция: L-рамноза <=> L-рамнулоза


имя локуса: b3903
метаболические пути, ассоциированные с геном:
единственный - "fructose and mannose metabolism" метаболизм фруктозы и маннозы (eco00051) 
карта данного метаболического пути

Поиск метаболических путей в KEGG

1.L-аспартат (L-аспарагиновая кислота) C00049
английские названия: L-aspartat, L-aspartic acid, 2-aminosuccinic acid

==> или <==
2.L-лизин C00047
английские названия: L-lysine, Lysine acid, 2,6-Diaminohexanoic acid


Найден метаболический путь биосинтез лизина
выбранная цепочка:  L-аспартат --> L-лизин (наименьшее число промежуточных стадий)


  
Возможность выбранной цепочки ферментативных в разных организмах с известными полными геномами.
  

   
Организм
   
Возможна ли цепочка реакций
(да/нет/неизвестно)
   
Обоснование
  
  
  


   
Escherichia coli K-12 MG1655

   
частично
   
вместо одной стадии (EC=2.3.1.83) превращение L-2,3,4,5-тетрагидродипиколината
в LL-2,6-диаминопимелат идет в три стадии
  
  

   
Archaeoglobus fulgidus 
   
нет

   
неизвестен ген фермента, катализирующего стадии EC=2.6.1.83
и альтернативную EC=2.3.1.117
  

  


   
Arabidopsis thaliana
   
да
   
известны гены всех ферментов в цепочке
  
  

   
Homo sapiens
   
нет
   
не известно ни одного гена в цепочке
  


1.1.1.42: искомый белок - изоцитратдегидрогеназа, важный фермент углеводного метаболизма, NAD+ или NADH+зависимый. У эукариот встречается
в трех разновидностях, две из которых являются белками митохондриального матрикса.
Ферменты с идентификатором 1.1.1.42:
- у Archaeoglobus fulgidus 1 находка: IDH_Arcfu
- у Homo sapiens 2 находки: IDHC_Human и IDHF_Human
(([swissprot-ID:*_human] | [swissprot-ID:*_arcfu]) &  [swissprot-ECNumber:1.1.1.42])

Мы отключаем опцию Use Wildcards, чтобы не получить находки с EC 1.1.1.423, например (в данном случае не требуется).
InterPro Matches для обоих белков человека дает практически одинаковыйе результаты, поэтому не принципиально, какой из них
сравнивать с белком из археи. Возьмем IDHC_Human. У него и археи общим является домен с идентификатором Pfam PF00180.
С помощью программы water пакета EMBOSS я сделала локальное выравнивание последовательностей 
нашего домена у этих двух белков (координаты взяты из Pfam).
Процент идентичности - 22.9%
Средствами KEGG мы нашли лучшего ортолога для IDHC_Human у архей - это белок DKAM_0286 из D.Kamchatkensis 
(22.8% идентичности, длина 107)
и для архей из эукариот TVAG_494040 (T.vaginalis - 52.2%, 416).
Таким образом, функция этого фермента достаточно важна, чтобы отвечающие за соответствующий тип активности домены оказались
родственными у человека и архей. При этом внутри семейства существует значительная вариабельность.