Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.cmm.msu.ru/~magepie/projects/term2/baksheeva_pr8.html
Дата изменения: Mon May 18 18:13:16 2009
Дата индексирования: Tue Aug 18 06:53:34 2009
Кодировка: IBM-866
Multiple alignment

Множественное выравнивание последовательностей



1.Невыравненные последовательности вирусных дельта-антигенов (34 штуки) из банка Swiss-Prot.*
Мы извлекли их из базы данных, обозначив в графе Taxonomy "deltavirus" а в графе Description - "delta".

Глядя на последовательности, предположим два места возможного положения гэпов (буквально, что первым попалось на глаза).
Иллюстрация

Множественное выравнивание, сделанное программой muscle *
Похоже, мы в какой-то степени угадали только со вторым гэпом, и все равно программа сгруппировала остатки иначе.
Иллюстрация

2.Множественное выравнивание белка AHPF_Ecoli и семи его вероятных гомологов (найдены с помощью программы Blast)
         
            Q67QU3.1|FENR_SYMTH  49% сходства E-value 2e-22
            Q2JFM8.1|FENR_FRASC  46% сходства E-value 3e-15 
            Q5HRY2.1|AHPF_STAEQ  70% сходства E-value 6e-148
            P26829.1|DHNA_BACYN  75% сходства E-value 3e-173
            P42974.2|DHNA_BACSU  56% сходства E-value 1e-166
            P80880.3|TRXB_BACSU  55% сходства E-value 2e-45
            P23160.1|R34K_CLOPA  54% сходства E-value 1e-29                           

выполненное программой muscle. *
Консервативные участки (самые яркие примеры)
- номера позиций выравнивания: 218-220; 222-225; 249-252; 326-328; 369-377; 392-394; 498-503
- номера соотв. позиций AHPF_Ecoli: 217-219; 221-224; 246-249; 318-320; 358-366; 381-383; 483-488
Самые близко расположенные небольшие консервативные участки можно объединять в один консервативный "блок".
Участков выравнивания, очевидно недостоверных с биологической точки зрения (с частыми гэпами и одиночными выравненными колонками), мало: как правило, если не выравнены все последовательности, найдены соответствия хотя бы в некоторых из них. Мне кажется подозрительным участок выравнивания в районе 302-312.

Гэпы неровные, похожие для некоторых белков участки проигнорированы. Этот фрагмент выравнивания неверен с биологической т.з. Выравнивание тех же последовательностей, сделанное программой mafft. *
В отличие от muscle здесь выравнены начальные метионины, что не имеет особого биологического смысла, а вот лишний гэп мы получаем. Спорный момент: mafft предпочла сопоставить друг другу глицины (обозначены черным), а не V, I и L, как сделала muscle. Хотя, не представляя структуры белка, мы можем только строить предположения. В данном конкретном случае глицин может быть важен, как "шарнир", и если мы построим выравнивание большего числа последовательностей и отметим эту же тенденцию, то это будет куда важнее с биологической точки зрения.
В целом консервативные участки те же.
Выравнивание в исполнении программы edialign пакета EMBOSS. *
Похоже на mafft за исключением кое-каких гэпов на участках с низкой консервативностью. Больше можно сказать об оформлении. Edialign пишет названия белков в самой таблице и выделяет разным регистром остатки в последовательности: заглавные буквы - собственно выравненные, а прописные - случайно попавшие в колонку при сдвигах и не претендующие на гомологичность.

3.Другие программы множественных выравниваний:
-consambig выделяет только консервативные остатки (разным регистром - большими буквами те, что встречаются во всех последовательностях, маленькими - в большинстве) - удобно, если ищешь именно консервативные позиции.
>EMBOSS_001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-distmat выводит таблицу "эволюционных расстояний" для попарных выравниваний: в ячейках - количество замен на 100 остатков (еще один способ оценки степени гомологии и построения эволюционных деревьев)
Distance Matrix
---------------

Uncorrected for Multiple Substitutions
Gap weighting is 0.000000

	    1	    2	    3	    4	    5	    6	    7	    8
	  0.00	 42.66	 42.72	 46.35	 67.97	 67.97	 72.13	 75.60		AHPF_ECOLI 1
		  0.00	 16.31	 35.97	 69.58	 66.45	 72.90	 75.84		DHNA_BACYN 2
			  0.00	 36.76	 67.44	 67.76	 72.33	 76.04		DHNA_BACSU 3
				  0.00	 67.77	 66.67	 75.00	 75.35		AHPF_STAEQ 4
					  0.00	 56.81	 71.01	 72.01		TRXB_BACSU 5
						  0.00	 72.82	 74.13		R34K_CLOPA 6
							  0.00	 56.88		FENR_SYMTH 7
								  0.00		FENR_FRASC 8


-plotcon демонстрирует нам график среднего сходства по позициям (наглядно показывает самые "устойчивые" мотивы) *



К перечню исследовательских работ
На главную