2. Площадь контакта мономеров белка записи 1WET согласно данным сервиса PROTORP
Используя сервис PROTORP, найдем площадь контакта мономеров белка записи 1WET.
Согласно результатам площадь поверхности контакта мономеров составляет 2558.01 Å2. На гидрофобные взаимодействия приходится 43.64 % площади взаимодействия.
3. Гидрофобные кластеры
Используя сервис CluD, определим гидрофобные кластеры на интерфейсе мономеров того же белка объемом не менее 10 атомов.
На выходе получаем текстовый файл .
Программа нашла всего 12 гидрофобных кластеров.
С помощью PyMOL получим изображение кластеров, каждый из которых покрашен своим цветом:
4. Определение доменной структуры с помощью сервиса pDomains
На сервисе pDomains определим доменную структуру белка записи 1KQF, цепи B.
Все методы, кроме CATH, SCOP и NCBI выделили один домен. CATH и NCBI выделили по три домена, а SCOP - два:
CATH 1KQFB1 2-27 , 99-162
1KQFB2 28-98 , 163-228
1KQFB3 247-290
SCOP 1KQFB1 2-245
1KQFB2 246-290
NCBI 1KQFB1 1-21 , 111-138
1KQFB2 22-110 , 177-238
1KQFB3 139-176
Координаты доменов по CATH и NCBI примерно совпадают, чего нельзя сказать о доменах, выделенных с помощью SCOP.
Посмотрим на пространственную структуру доменов по CATH:
Первый домен (2-27 , 99-162) покрашен красным цветом, второй (28-98 , 163-228) - желтым, третий (247-290) - сиреневым.
Пространственная структура доменов по SCOP:
Первый домен (2-245) выделен красным цветом, второй (246-290) - зеленым.
Пространственная структура доменов по NCBI:
Первый домен (1-21 , 111-138) выделен красным цветом, второй (22-110 , 177-238) - желтым, третий (139-176) - синим.
SCOP определил два первых домена, выделенные CATH, как один. Третий домен, выделенный CATH и второй домен, выделенный SCOP, совпадают. Первые два домена, выделенные NCBI, в некоторой степени соответствуют первым двум доменам, выделенным CATH, но зато NCBI не нашел домен, который выделили SCOP и CATH (второй и третий домены соответственно).
Также определим доменную структуру цепи А белка записи 1WET:
Почти все методы (кроме SCOP, DHcL и DDomain) выделили три домена. DHcL и DDomain выделили один домен, а SCOP выделил два домена:
CATH 1WETA1 2-58
1WETA2 59-160,291-322
1WETA3 161-290,323-339
SCOP 1WETA1 2-57
1WETA2 58-339
pdp 1WETA1 2-47
1WETA2 48-141
1WETA3 142-339
dp 1WETA1 2-57
1WETA2 58-153
1WETA3 154-339
DDomain 1WETA1 2-339
NCBI 1WETA1 1-44
1WETA2 58-160,293-340
1WETA3 161-292
PUU 1WETA1 1-45
1WETA2 57-156,292-317
1WETA3 157-291,318-338
DHcL 1WETA1 2-339
Все методы, кроме DHcL и DDomain, примерно одинаково выделили первый ДНК-связывающий домен. Методы pdp и dp выделили примерно одинаковые непрерывные вторые и третьи домены. Остальные методы (CATH, NCBI и PUU) часть третьего домена, выделенного pdp, отрезали и добавили ко второму домену. А SCOP выделили всего два домена.
SCOP:
pdp:
dp:
CATH:
NCBI:
PUU:
На всех изображениях первый (N-концевой) ДНК-связывающий домен выделен красным цветом.