Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.cmm.msu.ru/~maravilla/term5/task7.html
Дата изменения: Sun Nov 28 12:30:03 2010
Дата индексирования: Tue Oct 2 10:25:09 2012
Кодировка: Windows-1251
Характеристики PDB-файла; биологические единицы

Характеристики PDB-файла; биологические единицы


1. Технические характеристики записи PDB 1KQF.
1. Разрешение - 1,6 ангстрем. 
 REMARK   2 RESOLUTION.    1.60 ANGSTROMS

2. Число рефлексов - 342711. 
 REMARK   3   NUMBER OF REFLECTIONS        : 342711

3. Полнота (процент рефлексов с разрешением ниже указанного) - 94,9%. 
 
          REMARK   3   COMPLETENESS (WORKING+TEST)   (%) : 94.9 
          REMARK 200   COMPLETENESS FOR RANGE        (%) : 94.9

4. R-фактор - 0.177. 
 REMARK   3   R VALUE            (WORKING SET) : 0.177

5. Свободный R-фактор -0.195.
Процент рефлексов, использованных для его вычисления- 1%. 
 
           REMARK   3   FREE R VALUE                     : 0.195                           
           REMARK   3   FREE R VALUE TEST SET SIZE   (%) : 1.000

6. Кристаллографическая группа и тип симметрии - R 21 3. 
 CRYST1  203.000  203.000  203.000  90.00  90.00  90.00 P 21 3       12

7. Длины векторов a, b, c (базисных периодов кристаллической решетки): 203.000, 203.000, 203.000.
8. Ортогональны ли базисные периоды - да, ортогональны.
9. Совпадает ли абсолютная система координат с депонируемой (используемой в записи PDB) - нет. 
 
          ORIGX1      1.000000  0.000000  0.000000        0.00000                         
          ORIGX2      0.000000  1.000000  0.000000        0.00000                         
          ORIGX3      0.000000  0.000000  1.000000        0.00000

10. Совпадает ли (по данным записи PDB) биологическая единица с ассимметрической единицей, записанной в файле? - Нет, не совпадает. Биологическая единица - это тример из ассиметрических елиниц (поле REMARK 350).
11. Есть ли в структуре атомы с коэффициентом заполнения, меньшим 1? - Есть. 
 
          HETATM13907  O   HOH C 593       0.33 
          HETATM13963  O   HOH C1732       0.33  
          HETATM13721  O   HOH B1029       0.33


2. Вычисление относительных координат атомов
Вычислим относительные координаты одного из СА-атомов. Для этого воспользуемся матрицей перехода: 
 
           SCALE1      0.004926  0.000000  0.000000        0.00000                         
           SCALE2      0.000000  0.004926  0.000000        0.00000                         
           SCALE3      0.000000  0.000000  0.004926        0.00000

Возьмем CA-атом аланина: 
 ATOM     11  CA  ALA A  35       6.779  89.489 103.691  1.00 17.65

Рассчитаем его относительные координаты: 
          0.004926*6.779 + 6.779*0.000000 + 6.779*0.000000 + 0.000000 = 0.033393354
          89.489*0.000000 + 89.489*0.004926 + 89.489*0.000000 + 0.000000 = 0.440822814
          0.000000*103.691 + 103.691*0.000000 + 103.691*0.004926 + 0.000000 = 0.510781866


3. Биологическая единица записи 1WET.
Ассиметрическая единица:


Биологическая единица:


Как видно из изображений, биологическая единица состоит из двух ассиметрических единиц, каждая из которых содержит одну белковую цепь и одну цепь ДНК:


Одна ассиметрическая единица покрашена красным цветом, другая - зеленым.
Если рассматривать только ассиметрическую единицу, то мы не сможем получить инфмормацию о том, как взаимодействуют между собой две белковые цепи и как белок связывается с ДНК (поскольку видна только одна из цепей ДНК и одна из цепей белка).

На главную