Особенности аминокислотного состава белка NADE

Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.cmm.msu.ru/~margo77/term1/text/Excel.html
Дата изменения: Wed Nov 11 01:27:45 2009
Дата индексирования: Tue Oct 2 17:22:05 2012
Кодировка: Windows-1251

Особенности аминокислотного состава белка NADE_BACSU

1. Последовательность белка NADE_BACSU в формате FASTA

>sp /P08164/NADE_BACSU//
MSMQEKIMRELHVKPSIDPKQEIEDRVNFLK
QYVKKTGAKGFVLGISGGQDSTLAGRLAQLAVESIREEGGDAQFIAVRLP
HGTQQDEDDAQLALKFIKPDKSWKFDIKSTVSAFSDQYQQETGDQLTDF
NKGNVKARTRMIAQYAIGGQEGLLVLGTDHAAEAVTGFFTKYGDGGADL
LPLTGLTKRQGRTLLKELGAPERLYLKEPTADLLDEKPQQSDETELGISYDE
IDDYLEGKEVSAKVSEALEKRYSMTEHKRQVPASMFDDWWK

2.Длина последовательности - 272 аминокислотных остатка

Подробнее смотрите книгу NADE_BACSU.xls, лист aa_frequencies

3. Молекулярная масса белка NADE_BACSU - 30351 а.е.м.

Подробнее смотрите книгу Credit2.xls, лист MW
Формула: (Сумма молекулярных масс всех аминокислот)-(Количество аминокислот-1)*(Молекулярная масса воды)

4. Аминокислотный состав белка NADE_BACSU

Аминокислота	Частота	Самые частые аминокислоты - G, K, L Самые редкие аминокислоты - C, N, W Вычисления проведены с помощью функции СЧЕТЕСЛИ, Смотрите книгу NADE_BACSU.xls, лист aa_frequencies
A	7,7%
C	0%
D	8,5%
E	8,5%
F	3,7%
G	8,8%
H	1,5%
I	4,4%
K	8,8%
L	9,9%
M	2,2%
N	1,1%
P	3,3%
Q	7%
R	4,4%
S	5,5%
T	5,9%
V	4,8%
W	1,1%
Y	2,9%

5. Средний электрический заряд молекулы

Заряд молекулы = -8
При рН=7.0 боковые группы аргинина и лизина имеют средний заряд, равный +1е, гистидина - +0.5е, а остатков аспарагиновой и глутаминовой кислот имеют средний заряд -1е, остальные аминокислотные остатки при рН=7.0 практически не заряжены.
Заряд можно посчитать через сумму электрических зарядов всех аминокислот (Встречаемость * Электрический заряд одной аминокислоты)
Смотрите книгу Credit2.xls, лист Charges

6. Сравнение со средним аминокислотным составом белков Bacillus subtilis, а
также с аминокислотным составом мембранных белков этой же бактерии

1 - гидрофобные, 2 - гидрофильные, 3 - остальные

Вывод: Белок NADE_BACSU скорее всего относится к немембранным, потому что диаграмма белка NADE_BACSU отличается от диаграммы мембранного белка.
Смотрите книгу NADE_BACSU.xls, лист HPhob_comparison