2. Исследование контактов между молекулами белка и нуклеиновой кислоты.

Используя приведенные в задании примечания были вычеслены контакты различного типа в комплексе 1CWo:

	Полярные	Гидрофобные	Всего
Контакты белка с ...
... остатками 2'-дезоксирибозы	8	50	58
... остатками фосфорной кислоты	21	34	55
... остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки	2	22	24
... остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки	6	4	10

Для получения результатов по контактам я использовала следующие команды:

define mjg  c.n4,a.n6,t.o4,g.o6,g.n7,a.n7,t.c5m,c.c5,g.c8,a.c8,t.c6,c.c6,g.c5,a.c5 and dna
define mig  c.o2,t.o2,g.n3,g.n2,a.n3,a.c2 and dna
define tocompl t.o4,t.n3,c.n4,c.n3,c.o2,g.o6,g.n1,g.n2,a.n6,a.n1 and dna
define basen c.c2,c.c4,c.n1,t.c4,t.c2,t.c5,t.n1,g.c2,g.c4,g.n9,g.c6,a.c4,a.n9,a.c6 and dna
select within(3.5, *.O?*) and (oxygen,nitrogen) and protein  
select within(3.5, *.O?P) and (oxygen,nitrogen) and protein
select within(3.5, (oxygen,nitrogen) and mjg and base) and protein and (oxygen or nitrogen)
select within(3.5, (oxygen,nitrogen) and mig and base) and protein and (oxygen or nitrogen)
select within(4.5, *.C?*) and protein and carbon
select within(4.5, *.P) and protein and carbon
select within(4.5, carbon and mjg and base) and protein and carbon
select within(4.5, carbon and mig and base) and protein and carbon

3.Поиск специфических контактов, обеспечивающих узнавание сайта в молекуле ДНК

Судя по тому, что меньше всего было найдено контактов белка с полярными атомами азотистых оснований, обращенных в сторону большой бороздки, то можно предположить, что именно эти остатки белка отвечают за специфичность узнавания белком ДНК.

Ниже приведена картинка ASN93A.ND2-T3540.O4

4. Описание функций исследованного белка.

В банке UniProt найдено описание белка VSR_ECOLI.

Функции:

Дезаминирование 5-метилцитозина в ДНК приводит к несоответствию T/G. В свою очередь это может привести к мутационным переходам C-to-T. Очень короткий участок (VSP) восстанавливает этот процесс в E.coli , противодействуя мутагенным процессам за счет восстановления того самого несоответствия в пользу G-содержащей цепи. Этот фермент является эндонуклеазой, которая разрезает двойную спираль ДНК в пределах последовательности CT(AT)GN или NT(AT)GG рядом с остатком тимидина. Принадлежит к vsr-семейству.

Описание соответствующего ДНК-связывающего домена в Pfam

По результатам Pfam, выбранный а.о. не является консервативным.

DNA mismatch endonuclease Vsr

Домен	VSR
Цепь	А
Начальный остаток	3
Конечный остаток	77

5. Построение схемы контактов белка с ДНК.

Программа nucplot, предназначенна для визуализации контактов между ДНК и белком. Получено следующее изображение: