Банк нуклеотидных последовательностей EMBL 

1.  Система SRS (http://srs.ebi.ac.uk/):
   1. "EMBL":
      дата последнего проиндексированного в системе релиза: 07-Sep-2009;
      количество записей в нем: 108577013.
   2. Список классов ("Data Class") банка EMBL:
      
      
      

      ANN	Constructed sequence with annotation	не проиндексирован
      CON	Constructed sequence	не проиндексирован
      EST	Expressed Sequence Tag	62846990
      GRV	Genome Reviews	не проиндексирован
      GSS	Genome Survey Sequence	25905073
      HTC	High Throughput cDNA sequencing	549753
      HTG	High Throughput Genome sequencing	142473
      MGA	Mass Genome Annotation	не проиндексирован
      PAT	Patent	10439165
      SET	Project set (EMBL WGS Masters only)	не проиндексирован
      STD	Standard	7253026
      STS	Sequence Tagged Site	1310171
      TPA	Third Party Annotation	6520
      TSA	Transcriptome Shotgun Assembly	123842
      WGS	Whole Genome Shotgun	не проиндексирован

      
      
      
   3. Список разделов ("Divisions") банка EMBL:
      
      
      

      ENV	Пробы окружающей среды	4145029
      FUN	Грибы	3942084
      HUM	Человек	12841544
      INV	Беспозвоночные	15518735
      MAM	Остальных млекопитающих	9429823
      MUS	Мышь домовая	7424621
      PHG	Бактериофаги	5865
      PLN	Растения	33806044
      PRO	Прокариоты	909986
      ROD	Грызуны	2261678
      SYN	Синтетические	2671622
      TGN	Трансгенные	265465
      UNC	Неклассифицированные	3945859
      VRL	Вирусные	827405
      VRT	Других позвоночных	10581253

      
      
      
2.  Описание гена NG23 в записи EMBL с кодом доступа BA000025:
   
   направление гена ( относительно направления, выбранного для записи): обратное;
   число кодирующих участков: 4;
   длина первого кодирующего участка: 180962-180849+1=114 ;
   длина последнего кодирующего участка: 179581-179486+1=96 ;
   длина первого интрона: 180848-180603+1=246 ;
   длина последнего интрона: 179857-179582+1=276 .
   
    
3.   Поиск белка, соответсвующего последовательности самого длинного экзона гена NG23:
   
   Самый длинный экзон: последний ( длина 114). Вырезаем этот участок последовательности посредством программы "seqret".
   Поищем белки (http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/), используя blastx ( поиск белков в базе данных, используюя нуклеотидную последовательность):
   - в поле "upload file" введем файл с последовательность в fasta-формате;
   - в поле "database" выберем банк swissprot;
   - поиск.
   В результате был найден 1 белок:
   

           sp|Q5SSQ6.2|G7D_HUMAN  RecName: Full=Protein G7d                   35.4    0.097 
           

   Участок первого белка, соответствующийданной последовательности: 1-38. Вот само выравнивание:

            Query  1    MGSQGSGGVPLVQAPYTVLLLPLGTSRQDPGAQSFFLW  114
                        MGSQGSGGVPLVQAPYTVLLLPLGTSRQDPGAQSFFLW
            Sbjct  1    MGSQGSGGVPLVQAPYTVLLLPLGTSRQDPGAQSFFLW  38
            

   
    
4.  В записи Swiss-Prot, описывающей белок P45748, найдем все ссылки на банк EMBL:
   
   
   

   Идентификатор записи EMBL	Тип молекулы	Класс данных	Раздел EMBL	Дата создания документа	Описание	Длина последовательности
   AP009048	геномная ДНК	STD	PRO	22-JAN-2006	Escherichia coli str. K12 substr. W3110 DNA, complete genome	4646332
   U00096	геномная ДНК	STD	PRO	23-FEB-2006	Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655, complete genome.	4639675
   U18997	линейная геномная ДНК	STD	PRO	30-DEC-1994	Escherichia coli K-12 chromosomal region from 67.4 to 76.0 minutes.	372438

   
   
   Все записи, за исключением последней, являются геномными ДНК. Все они относятся к стандартному классу данных и описывают прокариотические организмы.