Пробные выравнивания
Определение положения фрагмента в полной последовательности
Мне были даны два коротких фрагмента, первый из них - это фрагмент последовательности белка RimN_Ecoli. Попробуем найти этот фрагмент в самом белке. Для этого воспользуемся программой GeneDoc. Вот что получается:
Этот фрагмент соответствует позициям 82-99 последовательности белка.
Имеющиеся две последовательности выровняем так, чтобы было сопоставлено максимальное число одинаковых букв при минимальном числе пропусков. Будем считать одним пропуском непрерывную последовательность символов "-" любой длины. Для получения "наилучшего" выравнивания будем оценивать его вес как:
W = M - nG
где M - число совпавших букв, G - штраф за пропуск, равен 2, n - общее число пропусков.
Замечания:
Краевые пропуски не штрафуются.
Длина пропуска не имеет значения.
Чем больше вес, тем лучше выравнивание.
Исходные длины 2-х заданных фрагментов 18, длина выравнивания получается 20. Оценим вес выравнивания:
W = 10-1*2 = 8
Посчитаем процент идентичности двух выровненных последовательностей:
отношение числа колонок, в которых стоят одинаковые буквы, к общему числу колонок, включая "гэповые", умноженное на 100:
(10/20) *100% = 50%
Найдем первую с N-конца выравнивания "близкородственную" замену а.о. Для начала представлю матрицу весов замен BLOSUM62.
Отыщем первую близкородственную замену в вышепредствленных выравниваниях. Это аминокислотные остатки с номерами позиций 12; Phenylalanine - Tryptophan (F-W),(на картинке они также выделены цветом). Вес такой замены, согласно матрице весов замен, составляет 1. Такая замена вполне допустима, поскольку различаются данные а.о. немногим. Убедитесь в этом сами:
Построение "наилучшего" выравнивания вручную
Имеющиеся две последовательности выровняем так, чтобы было сопоставлено максимальное число одинаковых букв при минимальном числе пропусков. Будем считать одним пропуском непрерывную последовательность символов "-" любой длины. Для получения "наилучшего" выравнивания будем оценивать его вес как:
W = M - nG
где M - число совпавших букв, G - штраф за пропуск, равен 2, n - общее число пропусков.
Замечания:
Краевые пропуски не штрафуются.
Длина пропуска не имеет значения.
Чем больше вес, тем лучше выравнивание.
Исходные длины 2-х заданных фрагментов 18, длина выравнивания получается 20. Оценим вес выравнивания:
W = 10-1*2 = 8
Посчитаем процент идентичности двух выровненных последовательностей:
отношение числа колонок, в которых стоят одинаковые буквы, к общему числу колонок, включая "гэповые", умноженное на 100:
(10/20) *100% = 50%
"Близкородственная" замена
Найдем первую с N-конца выравнивания "близкородственную" замену а.о. Для начала представлю матрицу весов замен BLOSUM62.
Отыщем первую близкородственную замену в вышепредствленных выравниваниях. Это аминокислотные остатки с номерами позиций 12; Phenylalanine - Tryptophan (F-W),(на картинке они также выделены цветом). Вес такой замены, согласно матрице весов замен, составляет 1. Такая замена вполне допустима, поскольку различаются данные а.о. немногим. Убедитесь в этом сами:
