Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.cmm.msu.ru/~miss_lazy/term7/prac3.html
Дата изменения: Tue Oct 23 01:23:46 2012
Дата индексирования: Sun Feb 3 02:54:11 2013
Кодировка: Windows-1251

Занятие 3

Занятие 3:рассеяние на кристалле, разрешение гармоники, разрешение структуры, фазовая проблема

Cедьмой семестр

Таблица гомологов

a.В чем состоит главный биологический результат статьи? Авторы сравнивали гомологичные левансахаразы двух организмов: Gluconacetobacter diazotrophicus и Bacillus subtilis . Определили структуру первой - пятилопастной бета-пропеллер. Каталитические остатки двух гомоогов идеально наложились друг на друга. Сайт связывания ионов кальция из белка Bacillus subtilis эквивалентен мостику Cys339-Cys395 в Gluconacetobacter diazotrophicus .
b.Какое разрешение структуры? 2.5 ангстрем.
c.Каким методом решена фазовая проблема? Сравнением с гомологом
d.Сколько структурных факторов измерено и сколько (число, процент) имеют силу сигнала более 3.0
e.Чему равны R-фактор и R-free фактор R: 19.6%(Rcryst); 24.9% - Rfree. (Rfree) (
f.Источники: статья, PDB файл, EDS - "Crystal structure of levansucrase from the Gram-negative bacterium Gluconacetobacter diazotrophicus" - Martinez-Fleites et al, 2005. PDB - файл. Файл с электронной плотностью, скаченный с EDS.

Выравнивание последовательности из pdb-файла и полной последовательности. Как видим, начало последовательности не было расшифровано рентгеноструктурным анализом, но в остальном последовательности идентичны.