Задание 13 (выполнено Борисовой Мариной)

Задача: научиться пользоваться возможностями программы RasMol.

Заданный PDB файл: 1KQF.

I. В заданной оксидоредуктазе выделились следующие аминокислотные остатки, которые контактируют (находятся на расстоянии менее 5A) с лигадном Cdl812:

Thr14:b, Asn15:b, Ser16:b, Ile17:b, Lys258:b, Pro259:b, Ala263:b, Phe265:b, Ile266:b, Ala267:b, Phe269:b, Val22:c, Phe25:c, Phe26:c, Ala29:c, Leu30:c, Ile33:C, Phe36:c, Phe37:c, Pro38:c, Thr39:c, Leu40:c, Ile163:c, Ile166:c, Leu167:c, Met170:c (запись из файла).

Изображение лиганда с остатком Phe36:c

II. Составление изображения С цепи:

В данной молекуле в цепи С струтура представлена в остновном из альфа-спиралей.

III. Скрипт для определения следующих множеств:

• Все атомы, относящиеся к остаткам данного элемента вторичной структуры.
• Все атомы кислорода и азота остатков данного элемента.
• Все атомы углерода и серы из боковых цепей остатков данного элемента.
• Все атомы кислорода и азота из остатков белка ВНЕ данного элемента (в том числе из других полипептидных цепей).
• Все атомы углерода и серы из боковых цепей остатков белка вне данного элемента (в том числе из других полипептидных цепей).
• Все атомы кислорода и азота остатков данного элемента, образующие водородные связи с атомами кислорода или азота остатков вне данного элемента (водородной связью считаем расположение центров двух атомов на расстоянии менее 3,7A).
• Все атомы остатков данного элемента, участвующие в гидрофобных контактах с остатками вне данного элемента (гидрофобным контактом считаем такое расположение двух неполярных атомов, что расстояние между их центрами меньше 5A; неполярными считаем все атомы углерода и серы из боковых цепей.

ї 2010 Borisova Marina