Задание 10 (выполнено Борисовой Мариной)

Задача:.

Работа с файлом 1JFS.

I. Изображения поверхностей контакта димера пуринового репрессора:

а) поверхности контакта мономера белка с симметричным мономером на фоне остовной (ribbon) модели мономера;

б) поверхности контакта димера белков с двойной спиралью ДНК на фоне остовной модели части белка, вовлеченной в контакт;

в) поверхности контакта ДНК с димером белков на фоне проволочной (sticks) модели двойной спирали.

II.Гидрофобные взаимодействия на поверхности контакта:

Площадь контакта: 2551.62 A2.

Часть этой площади, которая приходится на гидрофобные взаимодействия: 42.72%.

III.Гидрофобные взаимодействия на поверхности контакта:

IV. Доменная структура:

а) одной из цепей 1KQF

В большинство методов выделяют один единственный домен в изучаемом белке. Действительно, цепь белка представляет собой плотный шарик. Поэтому, если делить его на домены, то наиболее доставерно получается с помощью метода SCOP.

б) цепи белка из упр. 1.

Большинство методов выделяет 3 домена. И действительно это так:

На данном изображении была сделана раскараска по доменам выделеным с помощью метода CATH.

ї 2010 Borisova Marina