Задание 9 (выполнено Борисовой Мариной)

Цель:ознакомится с возможностями гомологичного моделирования комплекса белка с лигандом.

Задача: используя известную структуру лизоцима форели необходимо построить модель комплекса белка лизоцима амебы Dictyostelium discoideum с лигандом.

I. Создаем выравнивание двух белков с помощью ClustalX 2.0.10

Файл с последовательностями

Файл выравнивания

II. Редактируем файл с выравниванием.

III. Модифицируем файл со структурой.

IV. Создаем скрипт и редактируем его.

Выбранные связи:

('NH1:143:A', 'O7A:182:B'),
('NE1:98:A', 'O3B:182:B'),
('OH:63:A', 'O6C:182:B')

Файл со скриптом.

V. Выполняем скрипт и смотрим полученные модели.

Было получено 5 pdb файлов.

Все структуры очень похожи между собой. Отличаются только небольшими сдвигами атомов.

Сравнение структур со структурой образца (лизоцим форели): структуры совпадают - одинаковое количество альфа-спиралей и бета-тяжей. Единственное отличие - хвост у модели из 27 остатков.

VI. Проверка качества моделей с помощью WHATIF.

Модели были проверены с помощью: Coarse Packing Quality Control, Anomalous bond lengths, Planarity, Fine Packing Quality Control.

Все полученные данные находятся в файле.

Таблица сравнения:

	1	2	3	4	5
Average for range	-2.231	-2.249	-2.281	-2.347	-2.203
Number of anomalous bond lengths and Z-score	5 1.023	6 1.046	0 0,968	0 0,968	5 1.031
Not planar group	1	1	0	1	0
Packing Quality (Z-score)	-5.87	-6.13	-5.68	-6.34	-5.98

Параметры выбора:

- Average for range должно быть не меньше -5;

- Number of anomalous bond length должно быть минимальным и Z-score близкий к 0;

- Не должно быть не планарных групп;

- Packing Quality Z-score должен быть близок к 0.

Наилучшей моделью среди полученных является - третья (нет аномальных длин связей, нет не планарных групп и Z-score минимальный).

Но действительно хорошей модели нет, т.к. Z-score у всех слишком маленький.

ї 2010-11 Borisova Marina