Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.cmm.msu.ru/~nasting/term2/blast.html
Дата изменения: Sun Apr 9 23:05:31 2006
Дата индексирования: Tue Oct 2 07:55:22 2012
Кодировка: Windows-1251

Работа с программой BLAST

Поиск белка по его последовательности

(i) С помощью программы BLASTP на сервере NCBI в банке SwissProt был проведен поиск аминокислотной последовательности BioA_ECOLI.

Были получены следующие данные:

Порядковый номер белка BioA_ECOLI 584840
Score 850 bits
E-value 0.0

(ii) При поиске той же последовательности в банке данных PDB получены следующие данные:

PDB-коды: 1QJ5, 1MLZ, 1MLY, 1QJ3
Идентификаторы цепи - A, B
Score 845 bits;
E-value 0.0
Начало и конец выравнивания во входной последовательности (Query) 1–429
В найденой последовательности (Subject) 1–429
Процент совпадений (Identity) 428/429 (99%)

Данные по PDB практически не отличаются, за исключением процента совпадений.

Поиск белка по его гомологу

В банке данных SwissProt программой BLASTP был выполнен поиск белка BioA_ECOLI по его гомологу BioA_BUCAI.

Порядковый номер белка BioA_ECOLI 584840
Score 521 bits
E-value 4e-147
Начало и конец выравнивания во входной последовательности (Query) 1–427
В наденной последовательности (Subject) 1–427
Процент совпадений (Identity) 256/427 (59%)

Последовательность белка BioA_BUCAI была на выдаче первой.

Поиск белка по фрагментам его последовательности

1. Входная последовательность составлена из с 1й по 11ю и с 65й по 76ю аминокислоты белка BioA_ECOLI. Учитывая то, что программа Blast строит локальные выравнивания, из-за присутствия потенциального гэпа в 64 аминокислоты, что достаточно много, на выходе получается выравнивание только с 63й по 76ю аминокислоты белка BioA_ECOLI.

Порядковый номер белка BioA_ECOLI 584840
Score 27.3 bits
E-value 7e-04
Начало и конец выравнивания во входной последовательности (Query) 10–23
В найденной последовательности (Subject) 63–76
Процент совпадений (Identity) 13/14 (92%)

2. В данном случае использовалась входная последовательность, составленная из с 1й по 11ю и с 26й по 37ю аминокислоты белка BioA_ECOLI. Поэтому для программы построения локальных выравниваний оказалось возможным построить выравнивание по всей искуственно созданной последовательности, содержащейся в файле thirdprot2.fasta.

Порядковый номер белка BioA_ECOLI 584840
Score 41.2 bits
E-value 7e-04
Начало и конец выравнивания во входной последовательности (Query) 1–23
В найденной последовательности (Subject) 1–37
Процент совпадений (Identity) 23/37 (62%)