Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.cmm.msu.ru/~ninka/doc/tree.doc Дата изменения: Fri Dec 17 20:51:20 2004 Дата индексирования: Tue Oct 2 06:06:12 2012 Кодировка: koi8-r

Сравнение методов реконструкции деревьев.
Откуда взялись последовательности, используемые в построении деревьев?
Была дана скобочная структура дерева (его изображение приведено ниже -
истинное дерево). Используя расстояния между последовательностями и
программу msbar пакета EMBOSS были созданы остальные последовательности
(мутация определенного количества нуклеотидов, исходя из расстояния).

Таким образом «истинное дерево» отображает эволюционную модель,
которую мы считаем действительной. Мы посмотрели как два других алгоритма
построят деревья по нашим последовательностям. В результате можно
проинтерпретировать их работу, т.к мы знаем «истину».
Рис1. Истинное дерево
thya


50 45



UUU


5 5
UCD UEF
UAB
50 50 50 50 50 50
AAA BBB CCC DDD EEE FFF

Рис2. Дерево, построенное методом максимального правдоподобия.

+----------bbb
+----------------------------4
! +-----------aaa
!
! +------------fff
--3--1
! ! +------------ddd
! +---2
! +----------ccc
!
+------------eee

Рис3. Дерево, построенное по методу Neighbor-joining

+--------ccc
+---2
! +----------ddd
!
! +---------aaa
--4---------------------1
! +---------bbb
!
! +------------eee
+--3
+-----------fff

Проанализируем воспроизведение ветвей на наших деревьях.
Таблица1. Анализ ветвей и их воспроизводимость.
|Ветвь |Истинное дерево |Neighbor- |Максимальное |
| | |Joining |правдоподобие |
|ABCDEF | | | |
|110000 |+ |+ |+ |
|001100 |+ |+ |+ |
|001101 |- |- |+ |
|000011 |+ |+ |- |
|001111 |+ |- |- |

Видно, что ветвь к узлу АВ и CD есть во всех трех деревьях. Ветвь к
узлу EF, кроме как в истинном воспроизводится еще и в дереве, построеноом
по алгоритму NJ.
Реально дерево, простроенное по алгоритму NJ можно укоренить так, чтобы оно
полностью совпадало с истинным (рис. 4).

Рис4. Дерево, построенное по методу Neighbor-joining, где звездочкой
отмечено место укоренения.
+--------ccc
+---2
! +----------ddd
!
! +---------aaa
--4---------*-----------1
! +---------bbb
!
! +------------eee
+--3
+-----------fff

Если считать это корнем, то воспроизводиться и ветвь к узлу CDEF.

Таким образом, алгоритм NJ, воспроизводит модель эволюции, которую мы
приняли за истинную, в отличие от алгоритма ML, который, в принципе,
считается более прогрессивным.