|
Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес
оригинального документа
: http://kodomo.cmm.msu.ru/~ninka/model.html
Дата изменения: Fri Dec 17 20:43:01 2004 Дата индексирования: Mon Oct 1 22:04:56 2012 Кодировка: Windows-1251 |
Эволюционная модель
Была дана скобочная структура дерева:((A:50,B:50):50, ((C:50,D:50):5,(E:50,F:50):5):45);
По ней было воссоздано дерево, отражающее данную модель эволюции гена ThyA.
Используя расстояния между последовательностями и программу msbar пакета EMBOSS, были созданы остальные последовательности, соответствующие листьям и промежуточным узлам дерева (мутация определенного количества нуклеотидов, исходя из расстояния).
Скрипт для программы msbar, который позволяет автоматизировать процесс создания остальных последовательностей
msbar thya.embl 4.embl -point 4 -count 357 -auto msbar thya.embl 1.embl -point 4 -count 397 -auto msbar uab.embl aaa.embl -point 4 -count 357 -auto msbar uab.embl bbb.embl -point 4 -count 357 -auto msbar uuu.embl ucd.embl -point 4 -count 40 -auto msbar uuu.embl uef.embl -point 4 -count 40 -auto msbar ucd.embl ccc.embl -point 4 -count 397 -auto msbar ucd.embl ddd.embl -point 4 -count 397 -auto msbar uef.embl eee.embl -point 4 -count 397 -auto msbar uef.embl fff.embl -point 4 -count 397 -auto |
Таким образом "истинное дерево" отображает эволюционную модель, которую мы считаем действительной.
Анализ модели