Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.cmm.msu.ru/~nivunja/projects/Term_3/RNA/tRNA.html
Дата изменения: Thu Oct 8 12:48:24 2009
Дата индексирования: Tue Nov 24 18:44:35 2009
Кодировка: Windows-1251
Исследование структуры РНК
 
  

Исследование структуры тРНК

  • Краткое описание структуры в файле 1QTQ.pdb
  • Файл описывает глутаминил-тРНК-синтетазу, связанную с т-РНК и аминокислотным аналогом. Эти структуры выделены из клетки Escherichia coli.
    В файле приведены координаты атомов следующих молекул:
    тРНК, 1 молекула, содержащая 1 полинуклеотидную цепь B;
    белок (глутаминил-тРНК-синтетаза), также 1 молекула, содержащая 1 аминокислотную цепь A.
    Для исследования была выбрана цепь B, представляющая глутаминовую тРНК со следующей последовательностью:

    [901] 5' - UGGGGUAUCGCCAAGCGGUAAGGCACCGGAUUCUGAUUCCGGCAUUCCGAGGUUCGAAUCCUCGUACCCCAGCCA - 3' [976],

    На 3'-конце последовательности есть триплет CCA, к которому присоединяется аминокислота. В PDB-файле приведены координаты атомов этого триплета.

  • Исследование вторичной структуры
  • С помощью программы find_pair пакета 3DNA были определены возможные водородные связи между азотистыми основаниями (ссылка на выходной файл). В соответствии с полученными данными
    акцепторный стебель состоит из участка 902-907 и комплементарного ему участка 966-971.
    Т-стебель - из участка 949-953 и комплементарного ему участка 961-965;
    D-стебель - из участка 910-912 и комплементарного ему участка 923-925;
    антикодоновый стебель - из участка 926-933 и комплементарного ему участка 937-944;

    На рисунке 1 приведено полученное в RasMol изображение остова исследуемой тРНК, где акцепторный стебель выделен красным, Т-стебель - зеленым, D-стебель - синим, антикодоновый - оранжевым.

    Рис.1. Вторичная структура глутаминовой тРНК из 1QTQ.pdb
      Скрипт для получения изображения
      define stem_acc 902-907:B,966-971:B
    define stem_d 910-912:B,923-925:B
    define stem_anti 926-933:B,937-944:B
    define stem_t 949-953:B,961-965:B
    background white
    restrict rna
    wireframe off
    backbone 100
    color black
    select stem_acc
    color red
    select stem_d
    color blue
    select stem_anti
    color orange
    select stem_t
    color green


    Ни тимидина, ни дигидроуридинов структура не содержит. Вариабельная петля также отсутствует.

    Структуру стеблевых дуплексов поддерживают 19 канонических и 9 неканонических пар оснований.
    Список неканонических пар:
    U954 - A958
    U955 - G918
    A937 - U933
    U938 - U932
    C940 - G930
    C944 - A926
    A913 - A945
    A914 - U908
    G915 - C948
    Заметим, что среди неканонических пар есть, казалось бы, канонические (U - A и G - C). Тем не менее взаимодействия между этими основаниями не являются уотсон-криковскими (водородные связи между другими атомами).

    Рис.2. Неканоническая пара A913 - A945

    Антикодон
    Исследуемая РНК осуществляет транспорт глутаминовой кислоты. Она кодируется двумя триплетами: CAA и CAG. Тогда возможные антикодоны - GUU и GUC. В антикодоновой петле исследуемой тРНК есть триплет GUC - это участок 934-936, представляющий собой антикодоновую петлю.

  • Исследование третичной структуры
  • 1. Рассмотрим возможность стекинг-взаимодействия между основаниями конца акцепторного стебля и начала Т-стебля. Это позиции 907-949 (и комплементарные им 966-965):
       6   (0.004) B:.907_:[..A]Ax----U[..U]:.966_:B (0.002)     |
       7   (0.002) B:.949_:[..C]C-----G[..G]:.965_:B (0.003)     |
    
    Значения площадей перекрывания для этих пар следующие:
         step      i1-i2        i1-j2        j1-i2        j1-j2        sum
       6 AC/GU  2.22( 1.10)  0.00( 0.00)  0.00( 0.00)  5.96( 3.01)  8.18( 4.11)
    
    Как видим, перекрывание довольно значительное, и стекинг-взаимодействие вполне может присутствовать. Это иллюстрирует изображение, полученное с помощью stack2img:

    Рис.3. Возможное стекинг-взаимодействие между акцепторным и Т-стеблем


    Аналогично рассмотрим вероятное взаимодействие между антикодоновым и D-стеблем.
    Это позиции 944-910 и комплементарные им 926-925:
      21   (0.005) B:.944_:[..C]Cx*---A[..A]:.926_:B (0.009)     |
      22   (0.005) B:.910_:[..G]G-----C[..C]:.925_:B (0.003)     |
    
    Перекрывание мало:
        step      i1-i2        i1-j2        j1-i2        j1-j2        sum
      21 CG/CA  0.00( 0.00)  0.00( 0.00)  0.00( 0.00)  0.94( 0.28)  0.95( 0.28)
    
    Следовательно, вероятность стекинг-взаимодействия практически нулевая. Это подтверждает изображение:

    Рис.4. Возможное стекинг-взаимодействие между антикодоновым и D-стеблем

    2. Между основаниями D- и Т-петель есть две дополнительные водородные связи, одна из которых представляет собой каноническое взаимодействие (G919 - C956), другая - неканоническое (U955 - G918):
      13   (0.004) B:.955_:[..U]Ux**+xG[..G]:.918_:B (0.013)     x
      28   (0.008) B:.919_:[..G]G-----C[..C]:.956_:B (0.003)     +
    

    Рис.5. Неканоническое взаимодействие U955 - G918

  • Предсказание вторичной структуры тРНК
  • 1. Предсказание вторичной структуры при помощи программы einverted
    При стандартных установках программа не находила комплементарных пар, результат появилcя только при таких параметрах:
    Gap penalty = 10
    Minimum score threshold = 20
    В результате был получен файл 1QTQ.inv. Найдено 7 комплементарных пар, в числе которых и 6 пар акцепторного ствола, найденных ранее при помощи find_pair. Первая пара из этих семи не была найдена find_pair, т.к. PDB-файл не содержит данных об этих позициях (по крайней мере, RasMol их не видит).

    2. Предсказание вторичной структуры при помощи программы mfold
    При параметрах, заданных по умолчанию (Р=5%), выдается только один вариант структуры, причем явно неверный. Правильно определены только D-стебель и D-петля:

    При Р=10% программа выдает уже 2 варианта, но они тоже неверны (к предыдущему добавляется еще один, где неправильно определены даже D-структуры). Зато при Р=15% мы получим уже 4 варианта структуры, и один из них будет таким:

    Как видно из рисунка, определяются уже все части вторичной структуры, причем канонические пары определяются так же, как и в find_pair, хоть и с небольшой разницей в нумерации. Эта разница объясняется тем, что некоторые позиции в файле 1QTQ.pdb (и, как следствие, в 1QTQ.out) не описаны. По той же причине mfold определил еще одно каноническое взаимодействие (U901 - A971), не описанное find_pair. Тем не менее, mfold не видит неканонических взаимодействий (на рисунке они отмечены зеленым).

    Реальная и предсказанная вторичная структура тРНК из файла 1QTQ.pdb

    Участок структуры
    Позиции в структуре
    (по результатам find_pair)
    Результаты предсказания
    с помощью einverted
    Результаты предсказания
    по алгоритму Зукера
    Акцепторный стебель 5' 902-907 3'
    5' 966-971 3'
    Всего 6 пар
    Предсказано 7 пар (6 из них присутствовали в файле 1QTQ.out) Предсказано 7 пар (6 из них присутствовали в файле 1QTQ.out)
    D-стебель 5' 910-912 3'
    5' 923-925 3'
    Всего 3 пары
    Предсказано 0 пар из 3 реальных Предсказано 3 пары из 3 реальных
    T-стебель 5' 949-953 3'
    5' 961-965 3'
    Всего 5 пар
    Предсказано 0 пар из 5 реальных Предсказано 5 пар из 5 реальных
    Антикодоновый стебель 5' 926-933 3'
    5' 937-944 3'
    Всего 8 пар
    Предсказано 0 пар из 8 реальных Предсказано 5 пар из 8 реальных
    Общее число канонических пар нуклеотидов 19 7 20

    Назад