3. Электронная плотность
1. Работа с PDB-записью 2B5A
На сайте EDS получим карту электронной плотности: 2b5a.omap. Карта загружается в PyMOL.В записи 2B5A глутамин 21 цепи C имеет две альтернативных конформации, такие же глутамины трех других цепей - по одной конформации. Сначала получим изображение глутамина 21 цепи C, на котором видны поверхности уровней 1 (малиновая поверхность) и 0.5 (желтая) электронной плотности в окрестности этого остатка:
Буквами А и В подписаны две альтернативные конформации боковой цепи. Видно, что в конформации В электронная плотность между атомами CG и CD очень низкая
Для получения изображения вводилась последовательность команд:
load 2B5A.pdb, pdb load 2b5a.omap, map hide all show lines, d/21/ isomesh glnd_map1,map,0.5,d/21/,1 isomesh glnd_map2,map,1.0,d/21/,1 set mesh_width, 0.3 set line_width,3 ray |
Изображение глутамина 21 цепи D:
Электронная плотность выше рядом с электроотрицательными атомами (O, N). Между атомами CG и CD электронная плотность снижена, но не настолько, как в случае конформации В глутамина цепи С.
2. Работа с PDB-записью 1DUV
Карта электронной плотности: 1duv.omap.Получим изображение электронной плотности вокруг проволочной модели остатка Arg72 цепи G. Как и в предыдущих случаях, малиновым окрашена поверхность, соответствующая уровню 1, желтым - уровню 0.5:
Назад