Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.cmm.msu.ru/~olya_zol/term6/text/prac7.html
Дата изменения: Sun May 27 23:21:54 2012
Дата индексирования: Tue Oct 2 17:44:51 2012
Кодировка: UTF-8
prac 7
     

Изучение работы методов контроля температуры в GROMACS

На главную
Шестой семестр
     

Визуальный анализ траекторий

Метод Берендсена

С вращательными и поступательными движениями et_be_rot.pdb и без et_be.pdb.
Молекула вращется сначала вокруг связи С-С, а затем вокруг своего центра масс. Слегка изменяются длины связей и углы.

Метод перемасштабирования скоростей

С вращательными и поступательными движениями et_vr_rot.pdb и без et_vr.pdb.
Вращается вокруг связи С-С, затем вокруг центра масс, но менее активно, чем в предыдущем случае. Слегка изменяются длины связей и углы.

Метод Нуза-Хувера

С вращательными и поступательными движениями et_nh_rot.pdb и без et_nh.pdb.
Вращается только вокруг связи С-С. Изменяются длины связей и углы. Молекула очень часто принимает энергетически невыгодную заслоненную конформацию.

Метод Андерсена

С вращательными и поступательными движениями et_an_rot.pdb и без et_an.pdb.
Длины связей и углы почти не меняются. Молекула не вращается.

Метод Стохастической молекулярной динамики

С вращательными и поступательными движениями et_sd_rot.pdb и без et_sd.pdb.
Молекула быстро перемещается по ячейке и вращается вокруг центра масс. Длины связей и углов меняются. Иногда молекула принимает заслоненную конформацию, но надолго в ней не задерживается.

Сравние потенциальной энергии связей и кинетической энергии

Красным отмечены значения потенциальной энергии, а зеленым - кинетической.

Метод Берендсена


Метод перемасштабирования скоростей


Метод Нуза-Хувера


Метод Андерсена


Метод Стохастической молекулярной динамики




В методе Берендсена и кинетическая, и потенциальная энергии выходят на плато, причем кинетическая энергия постепенно растет, а потенциальная - убывает. В методе Андерсена потенциальная и кинетическая энергии изменяются в узком диапазоне значений, и кинетическая энергия близка к 0. В методе Нуза-Хувера большинство значений энергий сосредоточены в довольно узком диапазоне, хотя есть точки со значительно более высокой энергией. Графики распределения значения энергий для метода перемасштабирования скоростей и метода стохастической динамики похожи между собой. Значения энергий лежат в довольно широком интервале, причем большинство точек попадает ближе к его середине.

Распределение длины связи С-С за время моделирования


Метод Берендсена


Метод перемасштабирования скоростей


Метод Нуза-Хувера


Метод Андерсена


Метод Стохастической молекулярной динамики




Лучше всего распределение Больцмана воспроизводят методы стохастической МД и перемасштабирования скоростей,а методы Нуза-Хувера и Берендсена - чуть хуже. Распределение длин свзей при использовании метода Андерсена на больцмановское совсем не похоже.