Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.cmm.msu.ru/~phoenix/term4/practice3.html
Дата изменения: Sat May 5 23:01:33 2007
Дата индексирования: Tue Oct 2 11:42:59 2012
Кодировка: Windows-1251

Протокол практикума ?3

Функции генов и их продуктов. Онтологии, GO.

Поиск термина в словарях GO

Используя поиск с опцией "GO term or ID" на сайте консорциума GO было найдено 91 находка на запрос "chromosome".
Вывод по термину:

Заданное описание локализации: хромосома;
Выбранный термин GO и его идентификатор: chromosome ; GO:0005694;
Название онтологии GO и его перевод на русский: cellular component (клеточный компонент);
Определение термина: структура, состоящая из длинной молекулы ДНК и ассоциированных белков (т.е. гистонов), которая несет наследственную информацию.

Описание функций белка с помощью БД GOA

Для белка бета-лактамазы ampC (AC: P00811) из организма кишечной палочки штамма К-12 были получены следующие данные:

Онтология GO (имя) Количество ассоциированных терминов GO Краткий ответ на вопрос

Где? component 2 Периплазматическое пространство

Зачем, для чего? process 2 Ответ на антибиотики

Молекулярный механизм? function 4 Гидролазная активность, бета-лактамазная активность, связывание белков

Специфичность? function 2 (записи 2, но они идентичны) Активность бета-лактамазы

	Онтология GO (имя)	Количество ассоциированных терминов GO	Краткий ответ на вопрос
Где?	component	2	Периплазматическое пространство
Зачем, для чего?	process	2	Ответ на антибиотики
Молекулярный механизм?	function	4	Гидролазная активность, бета-лактамазная активность, связывание белков
Специфичность?	function	2 (записи 2, но они идентичны)	Активность бета-лактамазы

Создание выборок белков с определенными функциями

Протеом Drosophila melanogaster Результаты поиска в UniProt, 20.03.2007 г.

	Количество записей	Запрос
Всего	16591	((([uniprot-Organism:Drosophila] & [uniprot-Organism:melanogaster]) \| [uniprot-Organism:Drosophila melanogaster]) & [uniprot-DBxref_:GO:])
С идентификаторами всех 3-х онтологий GO	4471	((([uniprot-Organism:Drosophila] & [uniprot-Organism:melanogaster]) \| [uniprot-Organism:Drosophila melanogaster]) & ((([uniprot-DBxref_:GO:] & [uniprot-DBxref_:F:]) & [uniprot-DBxref_:C:]) & [uniprot-DBxref_:P:*]))
В том числе (укажите Вашу группу)	30	((([uniprot-Organism:Drosophila] & [uniprot-Organism:melanogaster]) \| [uniprot-Organism:Drosophila melanogaster]) & ((([uniprot-DBxref_:GO:] & [uniprot-DBxref_:F:]) & [uniprot-DBxref_:C:chromosome]) & [uniprot-DBxref_:P:*]))
В том числе *только* с самыми хорошими доказательствами функции (коды только IDA или TAS)	2	((([uniprot-Organism:Drosophila] & [uniprot-Organism:melanogaster]) \| [uniprot-Organism:Drosophila melanogaster]) & (((([uniprot-DBxref_:GO:] & [uniprot-DBxref_:F:]) & [uniprot-DBxref_:C:chromosome]) & [uniprot-DBxref_:P:]) ! ((((((((((([uniprot-DBxref_:IC:] \| [uniprot-DBxref_:IEA:]) \| [uniprot-DBxref_:IEP:]) \| [uniprot-DBxref_:IGC:]) \| [uniprot-DBxref_:IGI:]) \| [uniprot-DBxref_:IMP:]) \| [uniprot-DBxref_:IPI:]) \| [uniprot-DBxref_:ISS:]) \| [uniprot-DBxref_:NAS:]) \| [uniprot-DBxref_:ND:]) \| [uniprot-DBxref_:RCA:]) \| [uniprot-DBxref_:NR:*])))
В том числе те, у которых встречается хотя бы один раз самое хорошее доказательство функции (коды только IDA или TAS)	12	((([uniprot-Organism:Drosophila] & [uniprot-Organism:melanogaster]) \| [uniprot-Organism:Drosophila melanogaster]) & (((([uniprot-DBxref_:GO:] & [uniprot-DBxref_:F:]) & [uniprot-DBxref_:C:chromosome]) & [uniprot-DBxref_:P:]) & ([uniprot-DBxref_:IDA:] \| [uniprot-DBxref_:TAS:*])))

Наиболее достоверной является записи с кодами IDA и TAS, но и очень мало, и большая часть получается автоматическим аннотированием.
Вывод: достоверных данных мало!