Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.cmm.msu.ru/~phoenix/term2/practice10.html
Дата изменения: Wed May 31 16:41:57 2006
Дата индексирования: Tue Oct 2 12:12:21 2012
Кодировка: Windows-1251
Benchmark_aln

Сравнение фрагмента полного множественного выравнивания, полученного с помощью программы ClustalW, с соответствующим фрагментом "эталонного" выравнивания из SMART

Второй семестр На главную
ClustalW и SMART Поиск по паттерну Мотивы в белке ampC_ECOLI Доменная структура Работа с БД InterPro PSI-BLAST Tree

Получение эталонного выравнивания.


Фрагмент получен благодаря эталонному выравниванию гомологов домена Beta-lactamase.
Фрагмент выравнивания из SMART (ссылка на файл):
                                                                                                                                                         
                                            *                 2 0                   *                 4 0                   *                            
B L A C _ B A C V U   :   I S Q I V S A C P G E I G V A V I V N N R D T V - K V N N K S V Y P M M S V F K V H Q A L A L C N D F D N K G - I S L   :   5 7
B L E 1 _ P S E A E   :   I E S I V I G K K A T V G V A V W G P D D L E P L L I N P F E K F P M Q S V F K L H L A M L V - L H Q V D Q G K L D L   :   5 8
B L A C _ S T A A U   :   L N D L E K K Y N A H I G V Y A L D T K S G K E V K F N S D K R F A Y A S T S K A I N S A I L - L E Q V P Y N K - - L   :   5 6
B L A C _ R H O C A   :   V A R I E E Q L G A R V G L S L M E T G T G W S W S H R E D E L F L M N S T V K V P V C G A I - L A R W D A G R L S L   :   5 8
B L C 3 _ P S E A E   :   V K A I E V S L S A R I G V S V L D T Q N G E Y W D Y N G N Q R F P L T S T F K T I A C A K L - L Y D A E Q G K V N P   :   5 8
                                                  G                                               S     K                                                

Фрагмент выравнивания из Clustalw (ссылка на файл):
                                                                                                                                                                                                           
                                            *                 2 0                   *                 4 0                   *                 6 0                   *                 8 0                  
B L A C _ R H O C A   :   - - - - - - - - - M R F T A T V L S R V A T G L A L G L S M A T A S L A E T P - V E A L S E T V A R I E E Q L G A R V G L S L M E T G T G W S W S H R E D E L F L M N   :     7 3
B L C 3 _ P S E A E   :   - - - - - - - - - - - - - - - - - - - M K F L L A F S L L I P S V V F A S S S K F Q Q V E Q D V K A I E V S L S A R I G V S V L D T Q N G E Y W D Y N G N Q R F P L T   :     6 4
B L A C _ S T A A U   :   - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - M K K L I F L I V I A L V L S A C N S N S S H A K E L N D L E K K Y N A H I G V Y A L D T K S G K E V K F N S D K R F A Y A   :     6 2
B L E 1 _ P S E A E   :   - - - - - - - - - - - - - M N V I I K A V V T A S T L L M V S F S S F E T S A Q S P L L K E Q I E S I V I G K K A T V G V A V W G P D D L E P L L I N P F E K F P M Q   :     7 0
B L A C _ B A C V U   :   M E K N R K K Q I V V L S I A L V C I F I L V F S L F H K S A T K D S A N P P L T N V L T D S I S Q I V S A C P G E I G V A V I V N - N R D T V K V N N K S V Y P M M   :     8 2
                                                                                                                                                G                                                          
                                                                                                                                                                                                           
                                      *               1 0 0                   *               1 2 0                   *               1 4 0                   *               1 6 0                        
B L A C _ R H O C A   :   S T V K V P V C G A I L A R W D A G R L S L S D A L P V R K A D L V P - - Y A P V T E T R V G - - G N M T L D E L C L A A I D M S D N V A A N I L I G H L G G P E A V   :   1 5 2
B L C 3 _ P S E A E   :   S T F K T I A C A K L L Y D A E Q G K V N P N S T V E I K K A D L V T - - Y S P V I E K Q V G - - Q A I T L D D A C F A T M T T S D N T A A N I I L S A V G G P K G V   :   1 4 3
B L A C _ S T A A U   :   S T S K A I N S A I L L E Q V P Y N K L N - - K K V H I N K D D I V A - - Y S P I L E K Y V G - - K D I T L K A L I E A S M T Y S D N T A N N K I I K E I G G I K K V   :   1 3 9
B L E 1 _ P S E A E   :   S V F K L H L A M L V L H Q V D Q G K L D L N Q T V I V N R A K V L Q N T W A P I M K A Y Q G D E F S V P V Q Q L L Q Y S V S H S D N V A C D L L F E L V G G P A A L   :   1 5 3
B L A C _ B A C V U   :   S V F K V H Q A L A L C N D F D N K G I S L D T L V N I N R D K L D P K T W S P M L K D Y S G P V I S L T V R D L L R Y T L T Q S D N N A S N L M F K D M V N V A Q T   :   1 6 5
                          S     K                                                                       P             G                                   S D N   A                                        
                                                                                                                                                                                                           
                                *               1 8 0                   *               2 0 0                   *               2 2 0                   *               2 4 0                              
B L A C _ R H O C A   :   T Q F F R S V G D P T - S R L D R I E P K L N D F A S G D E R D T T S P A A M S E T L R A L L L G D V L S P E A R G K L A E W M R H G G V T G A L L R A - - E A E D A   :   2 3 2
B L C 3 _ P S E A E   :   T D F L R Q I G D K E - T R L D R I E P D L N E G K L G D L R D T T T P K A I A S T L N K L L F G S A L S E M N Q K K L E S W M V N N Q V T G N L L R S - - V L P A G   :   2 2 3
B L A C _ S T A A U   :   K Q R L K E L G D K V - T N P V R Y E I E L N Y Y S P K S K K D T S T P A A F G K T L N K L I A N G K L S K E N K K F L L D L M L N N K S G D T L I K D - - G V P K D   :   2 1 9
B L E 1 _ P S E A E   :   H D Y I Q S M G I K E - T A V V A N E A Q M H A D D Q V Q Y Q N W T S M K G A A E I L K K F E Q K T Q L S E T S Q A L L W K W M V E T T T G P E R L K G - - L L P A G   :   2 3 3
B L A C _ B A C V U   :   D S F I A T L I P R S S F Q I A Y T E E E M S A D H N K A Y S N Y T S P L G A A M L M N R L F T E G L I D D E K Q S F I K N T L K E C K T G V D R I A A P L L D K E G   :   2 4 8
                                                              E                                                                                                                                            
                                                                                                                                                                                             
                          *               2 6 0                   *               2 8 0                   *               3 0 0                   *               3 2 0                      
B L A C _ R H O C A   :   W L I L D K S G S G - - - - - - - S H T R N L V A V I Q P E G G A P W I A T M F I S D T D A E F E V R N E A L K D L G R A V V A V V R E - - - - - - - -   :   2 9 3
B L C 3 _ P S E A E   :   W N I A D R S G A G G - - - - - - F G A R S I T A V V W S E H Q A P I I V S I Y L A Q T Q A S M A E R N D A I V K I G H S I F D V Y T S Q S R - - - - -   :   2 8 8
B L A C _ S T A A U   :   Y K V A D K S G Q A I T - - - - - Y A S R N D V A F V Y P K G Q S E P I V L V I F T N K D N K S D K P N D K L I S E T A K S V M K E F - - - - - - - - -   :   2 8 1
B L E 1 _ P S E A E   :   T V V A H K T G T S G I K A - G K T A A T N D L G I I L L P D G R P L L V A V F V K D S A E S S R T N E A I I A Q V A Q T A Y Q F E L K K L S A L S P N   :   3 0 8
B L A C _ B A C V U   :   V V I A H K T G S G Y V N E N G V L A A H N D V A Y I C L P N N I S Y T L A V F V K D F K G N K S Q A S Q Y V A H I S A V V Y S L L M Q T S V K S - - -   :   3 2 1
                                        G                                                                                                                                                    

Результаты:
Число колонок во фрагменте из SMART = 59. Из них консервативных - 3.;
Число колонок, совпавших с колонками в файле clustalw.msf = 3, однако если приглядется выравнивание полностью не одинаково.
В выравнивании из SMART гэпов гораздо больше.
©Виктор Соколов