Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.cmm.msu.ru/~pouliakhina/Mycoplasma/Pouliakhina_cr3.doc Дата изменения: Fri Dec 29 01:05:16 2006 Дата индексирования: Tue Oct 2 15:20:46 2012 Кодировка: koi8-r

Анализ протеома бактерии


Mycoplasma penetrans HF-2


Введение

[Русское название]
Русское название бактерии Микоплазма пенетранс
(http://www.umj.com.ua/pdf/53/1915.pdf)

[Таксономия]
Царство Bacteria; Отдел Firmicutes; Класс Mollicutes; Порядок
Mycoplasmatales; Семейство Mycoplasmataceae; Род Mycoplasma; Вид
Mycoplasma penetrans; Штамм HF-2

[Размер, фотография]

Размер бактерии: 100-150 нм

На этом рисунке изображена моя бактерия в самом достойном виде (остальные
картинке, найденные в поисковой системе Google, можно посмотреть в папке
/home/students/y06/_irishka_/Term1/Credit3/Images)

[pic]

Автор Courtesy Yuko Sasaki

Общая информация, описаний основных свойств и некоторых особенностей
Mycoplasma penetrans*
Микоплазмы - мельчайшие (диаметром 100-300 нм) свободнго живущие
прокариоты, занимающие промежуточное положение между вирусами, бактериями и
простейшими. Однако сейчас принято все же относить их к бактериям.
________________
Прошу прощения за некоторые изменения шаблона описания бактерии, просто я
нашла немного общего описания рода Mycoplasma, и мне показалось, что
логичнее будет вставить его здесь.
Впервые Микоплазмы были выведены в 1937 году. По современной классификации
эта бактерия относится к семейству Mycoplasmataceae. Это семейство
разделяют на 2 рода - род Mycoplasma(Микоплазма), включающий около 100
видов, и род Ureaplasma (Уреаплазма), в котором насчитывается только 3
вида. К роду Mycoplasma относится бактерия Mycoplasma penetrans, о которой
я буду пытаться рассказать что-то интересное. (
Структурная организация Mycoplasma penetrans достаточно просто. Бактерия
представлены клетками, ограниченными только трехслойной циотплазматической
мембраной. В цитоплазме клеток имеются нуклеотид, диффузно распределенный в
виду нитей ДНК и рибосомы (некоторые другие виды Mycoplasma имеют также
внутрицитоплазматические мембранные структуры). Хотя по размерам микоплазмы
(в т. ч. Mycoplasma penetrans) очень близки к вирусам, они, как и другие
бактерии, содержат обе нуклеиновые кислоты - РНК и ДНК - и способны
размножаться в условиях искусственных питательных сред.
Многие биологические свойства Mycoplasma penetrans, в том числе
устойчивость к бета-лактамным антибиотикам и выраженный полиморфизм,
обусловлены отсутствием клеточной стенки.
Mycoplasma penetrans грамотрицательны, обладают крайне низкой
чувствительностью к разного рода красителям.
Размножение Mycoplasma penetrans происходит внутриклеточного и очень
интенсивно путем деления материнских клеток, а также путем отпочковывания
дочерних клеток от поверхности мембраны материнской клетки. Цикл развития
этой бактерии занимает около 6 суток.
Микоплазмы обычно заселяют слизистые; у многих видов животных они вызывают
хроническое воспаление дыхательных и мочевых путей, половых органов,
суставов. Mycoplasma penetrans обитает в организме человека. Этот вид был
обнаружен на слизистой дыхательных путей, мочевых путей и половых органов.
Эта бактерия была описана сравнительно недавно, и об ее экологической нише
пока ничего нельзя сказать с уверенностью.
Так же как и Mycoplasma fermentans и Mycoplasma pneumoniae, Mycoplasma
penetrans способна к внутриклеточному паразитированию. Внутриклеточная
локализация защищает микоплазмы от антител и антибиотиков и способствует
хроническому течению инфекции.
(http://www.center-hc.ru/diseases/mycoplasma2.htm)
Mycoplasma penetrans впервые была выделена из мочи мужчин-
гомосексуалистов ( Lo, 1992 ). M. penetrans ассоциируют с саркомой Капоши и
реализацией СПИД а у ВИЧ-инфицированных пациентов ( Wang et al., 1993 )
предполагается, что эта микоплазма может вызывать также НГУ , однако
окончательный ответ на этот вопрос требует дальнейших исследований (
Deguchi et al., 1996 ).
(http://obi.img.ras.ru/humbio/micoplasm/00025b22.htm)

Геном и протеом Mycoplasma penetrans


Статистические данные о геноме:
Статистические данные о геноме приведены в табл.1 Они взяты с сайта
http://www.ebi.ac.uk/genomes/bacteria.html

Табл.1 Статистические данные о геноме Mycoplasma penetrans
|Хромосома |Число пар |Число генов |GC |
|или плазмида|нуклеотидов | |состав|
| | | |(%) |
|хромосома |1358633 |1036 |27.5% |
|кольцевая | | | |


Аминокислотный состав бактерии можно увидеть на следующей картинке:
[pic]
Табл.1 Аминокислотный состав бактерии Mycoplasma penetrans
[Длины белков]
По данным с сайта http://www.ebi.ac.uk/genomes/bacteria.html число белков
протеома Mycoplasma penetrans совпадает с числом генов.


[pic]
Табл.2 Распределение протеома Mycoplasma penetrans по категориям на
основании их размера, исчисляемого в числе а.о.

[Среда (среды) обитания и условия]
Mycoplasma penetrans HF-2 - облигатный паразит, предпочитает селиться на
слизистой дыхательных путей, мочевых путей и половых органов хомо
сапиенсов.
Условия среды обитания
|Соленость |Потребность в |Место обитания |Оптимальная |
| |O2 | |температура |
|Негалофильная|Факультативный |организм |37C |
| |анаэроб |человека | |

На следующей таблице я постаралась отразить статистику неслучайных
совершенных повторов в полном бактериальном геноме.

Назв. |(п.о.) |Ср. длина неслуч. Соверш. Повтора |
Длина макс. Соверш. Повтора
|Число позиций нукл. Послед., занятых повторами |Число позиций, занятых
уник. Повторами |Доля неслуч. Соверш. Повторов
|Доля уник. Части |Тип макс. Соверш. Повтора | |Myco plasma penetrans
|58633 |45.3 |2352 |124494 |54920 |0.092 |0.908 |(Inv.) | |
[Чем интересна человеку, почему ее геном секвенирован]
Ученые не раз сравнивали распространенность Mycoplasma hominis,
Ureaplasma urealyticum и Mycoplasma penetrans у ВИЧ-инфицированных
пациентов и в контрольной группе. Для выделения микоплазм использовали
культивирование и ПЦР с праймерами 16SrRNA консервативной области и
специфические праймеры для М. penetrans. Процент положительных результатов,
полученных двумя методами, был примерно одинаковым. Чувствительность ПЦР
была выше, хотя культуральный метод позволял проводить количественную
оценку изолятов. Полученные результаты не показали значимых различий между
использованными методами.
(http://www.primer.ru/articles/sti/referat_info/mycoplasm_1999.htm)
Mycoplasma penetrans интересна человеку как и любой другой
микроорганизм, вызывающий его же (человека) заболевания. Микоплазмы (и моя
бактерия в их рядах) являются возбудителями таких болезней как уретрит,
гарднереллез, воспалительные заболевания матки и придатков, пиелонефрит и
некоторых других (не совсем, скажем, приятных.)
[(*) Интересные особенности бактерии]
- как уже говорилось выше, у моей бактерии нет клеточной стенки. Поэтому
она обладает крайне низкой чувствительностью к разного рода красителям;
Mycoplasma penetrans грамотрицательны; устойчива к бета-лактамным
антибиотикам и выраженный полиморфизм;
- размеры бактерии очень (!) малы. Помимо удивительных размеров самой
бактерии большим размером не отличается и ее геном;
- Mycoplasma penetrans способна к внутриклеточному паразитированию.
Внутриклеточная локализация защищает микоплазмы от антител и антибиотиков и
способствует хроническому течению инфекции
- достоверна не изучена экология этой бактерии. Да и вообще сама бактерия
изучена не очень хорошо (возможно, из-за невероятно малых размеров)





Литература


www.oie.int


www.lol.org.ua


http://www.ebi.ac.uk/genomes/bacteria.html


http://obi.img.ras.ru/humbio/micoplasm/00025b22.htm

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?lvl=0&id=240292