Пробные выравнивание

Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.cmm.msu.ru/~ramil.mintaev/projects/CLPB_ECOLI/Aln1.php
Дата изменения: Unknown
Дата индексирования: Fri Feb 28 16:05:05 2014
Кодировка: Windows-1251

Пробные выравнивание

Определение положения фрагмента в последовательности моего белка(ClpB_EColi)
Фрагмент последовательности: IMTSNLGSDLIQERFGELDY
После использования программы GeneDoc(ручное выравнивание) обнаружилось, что заданный фрагмент соответствует позициям 716-734 в полной последовательности белка ClpB_Ecoli.

Картинка выравнивания:

Теперь попытаемся выравнить два предложенных фрагмента:

>seq1
IMTSNLGSDLIQERFGELDY
>seq2
IMTSNIGSQVLLENVKETGE

Технические характеристики выравнивания:
исходные длины 2-х заданных фрагментов: 20 & 20

длина выравнивания: 23

Вес выравнивания: W = M - nG=10-1*2=8

процент идентичности двух выровненных последовательностей: 43%

Картинка выравнивания:

Первая "близкородственная" замена а.о. с N-конца выравнивания.

? первой позиции выравнивания, в которой мы наблюдаем близкородственную замену а.о -- 6

полные названия и однобуквенные обозначения поменявшихся а.о -- Лейцин-Изолейцин/L-I

вес такой замены --2

Leu-Ile относятся к алифатическим аминокислотам и обладают неполярными (гидрофобными) боковыми цепями.