Работа с поиской системой SRS (http://srs.ebi.ac.uk/)
Все три системы - MRS, SRS и в поисковая машина UniProt -
удобны в использовании, но я бы раболтал только с SRS. Не знаю, просто понравился интерфейс.
На SRS странице с описанием поля "Taxonomy" банка SwissProt я попытался найти ответы на некоторые вопросы:
- Названия каких таксонов начинаются на "gam"?
Был сделан запрос в SRS: "[taxonomy-AllText:gam*]".
Результат: названия таксонов, начинающихся на "gam": gambusia; gambiana; gampsosporum; Gammarus;
gammaherpesvirus; Gamboa.
- Каков английский эквивалент таксона "гамма-протеобактерии"?
Gammaproteobacteria
- Сколько в банке SwissProt записей, описывающих белки из гамма-протеобактерий?
Был сделан запрос в SRS: "[swissprot-Taxonomy:Gammaproteobacteria*]".
Результат: 83 513
Пользуясь SRS, я составил несколько запросов к банку SwissProt, призванных найти белки гамма-протеобактерий, выполняющих функцию, сходную с функцией моего белка (clpB_EColi).
Запросы:
|
Формулировка функции белка
|
Строка запроса
|
Количество найденных документов
|
Chaperone protein clpB
|
([swissprot-Taxonomy:Gammaproteobacteria*] & (([swissprot-Description:Chaperone] & [swissprot-Description:protein]) & [swissprot-Description:clpB]))
|
29
|
Heat shock protein
|
([swissprot-Taxonomy:Gammaproteobacteria*] & (([swissprot-Description:Heat*] & [swissprot-Description:shock*]) & [swissprot-Description:protein*]))
|
530
|
Результаты запроса ([swissprot-Taxonomy:Gammaproteobacteria*] & (([swissprot-Description:Chaperone*] & [swissprot-Description:protein*]) & [swissprot-Description:clpB*])) сохранены в виде fasta формата:
|