Множественное выравнивание последовательностей

• Ознакомление с программой Muscle

  Для выравнивания получил последовательности вирусных белков, называемых "дельта-антигенами", при помощи SRS, запросом:
  ([swissprot-Taxonomy:Deltavirus*] & [swissprot-Description:delta*]).

  Нашлось 34 последовательности, которые сохранил в fasta формате (delta.fasta). Получил выравнивание посредством программы muscle (delta_aligned.fasta). Далее, я импортировал в GeneDoc последовательности до и после выравнивания и сравнил две картинки.

  до	после

  
  После выравнивания можно увидеть на картинке много наглядных консервативных участков.

• Выравнивание набора гомологов белка CLPB_ECOLI

  Получил 7 гомологов(myprotein.list) при помощи BLASTP на сервере NCBI и их последовательности в fasta формате(myprotein.fasta) при помощи программы seqret на сервере kodomo-count.

  В данном множественном выравнивании(картинка) можно выделить участки с повышенной долей консервативных позиций:
  

  координаты
  по столбцам выравнивания: alignment1 189-409; alignment2 567-757; alignment3 795-807; alignment4 851-866.	по остаткам белка СLPB_ECOLI: alignment1 175-397; alignment2 531-721; alignment3 751-763; alignment4 807-822.

  
  
  Также можно выделить участки, где выравнивание недостоверно, т.е. скорее всего не имеет биологического смысла.

  координаты
  по столбцам выравнивания: 761-850 495-520 879-937 120-166 50-75	по остаткам белка СLPB_ECOLI: 725-807 467-530 835-857 115-143 45-74

  На этих участках нет совпадений на каком-нибудь бы уровне(не всех строчках, а бывает только на некоторых).

• Другие программы множественного выравнивания

  При помощи программы mafft и edialign получил два множественных выравнивания(картинка_mafft,_edialign; fasta: aligned_mafft,_edialigh). Ничего осбенного я не нашел в этих программах - они также примерно указали на те фрагменты, которые я написал во 2 задании. Есть мелкие различия, которые как раз-таки, наверно, и показывают точечные различия, не имеющие биологического смыла. Также, заметил, что edialign очень любит ставить длинные гэпы.

• Программы обработки множественных выравниваний

  • Consambig - создает последовательность в fasta формате из фрагментов совпавших во множественном выравнивании.(файл)
  • Distmat - создает матрицу дистанции из множественного выравнивания.(файл distmat) Эта программа высчитывает эволюционные дистанции, т.е. степень родства, между парами выравниваний из множественного.
  • Plotcon - наносит на карту консервативные участки из выравненных последовательностей.(файл ps) После конвертации из ps в pdf и затем в gif. Выяснилось, что Plotcon построил зависмость длины последовательности от схожести во множественном выравнивании.