Информация банка EMBL о гене белка CHEY_ECOLI

Записи EMBL, описывающие последовательности, кодирующие белок CHEY_ECOLI

Сходства и различия записей Характеристика I II ID ECCHE3 ECCHEY AC M13463 K02175 Тип молекулы (ДНК/РНК) ДНК ДНК Длина последовательности в записи 3063 480 Раздел банка PRO PRO Начало гена в записи 1957 38 Конец гена в записи 2346 427 Направление гена прямое прямое Дата последнего изменения документа 17-APR-2005 06-MAR-2000 Примечания - -

Для быстрой и приятной работы мы использовали пакет программ EMBOSS.      Был получен документ банка SwissProt, описывающий белок CHEY_ECOLI. entret sw:P06143 -auto      В документе были найдены все ссылки на банк EMBL. Далее случайным образом были выбраны две ссылки и получены соответствующие записи. entret embl:K02175 -auto entret embl:M13463 -auto      На основе их была заполнена таблица.

Сравнение последовательностей, кодирующих белок CHEY_ECOLI, взятых из разных записей EMBL (I, II)

Различия в последовательностях Позиция от начала кодирующей последовательности Нуклеотид в первом варианте Нуклеотид во втором варианте Позиция в кодоне Синонимичность 186 t c 3 + 337 c g 1 -

Из данных записей были извлечены последовательности. seqret ecche3.entret -sask seqret ecchey.entret -sask      С помощью программы needle они были выравненны. needle chey_gene1.fasta chey_gene2.fasta gene1-gene2.needle -auto      Выяснилось, что последовательности совпадают (Identity) на 99.5% Нужно отметить, что только K02175 из этих двух последовательностей соответствует на 100% белковой последовательности P06143 БД SwissProt.