8 -ое практическое задание
1)
|
Первый белок
|
SUCD_ECOLI
|
|
Его номер выдачи
|
1
|
|
Score
|
508 Bits
|
|
Value
|
1e-143
|
|
Первая находка
|
Chain A,
E. Coli Scs.
|
|
PDB коды
|
1SCU,
1JKJ 1JLL
|
|
ID цепей
|
A,D
|
|
Score
|
504 Bits
|
|
E-value
|
7e-144
|
|
Query
begin
|
2
|
|
Query end
|
289
|
|
Subject begin
|
1
|
|
Subject
end
|
288
|
|
Identity
|
100%
|
Поэтому Identity - совпадает и
100%, а Score, которое считается по остаткам
различается из -за того, что данный белок 'сдвинут' на один остаток.
2)Q6F8L4 - белок из задания 4 упражнения 3. С
описанием, сходным с моим белком.
По нему вызывается BLAST (в базе pdb)и исходный белок (SUCD_ECOLI) - обнаруживается и располагается
вторым.
|
Исходный белок
|
SUCD_ECOLI
|
|
Score
|
447 Bits
|
|
E-value
|
2e-126
|
|
Query
begin
|
1
|
|
Query end
|
386
|
|
Subject
begin
|
1
|
|
Subject
end
|
385
|
|
Identity
|
63%
|
Лучший белок по выравниванию, обладающий описанием, отличным от описания исходного белка : 1U6Z_A; Его описание:
Structure Of An E. Coli Exopolyphosphatase: Insight
Into The Processive Hydrolysis Of Polyphosphate And Its Regulation
Белок занимает 7-ю позицию (из 15).
|
Score
|
31.1 Bits
|
|
E-value
|
0.12
|
|
Identity
|
28%
|
3)
Из выборки белков предложенных Blast выбран sp|P53593|SUCC_PSEAE
с
Identities = 252/388 (64%) - Подходит по условию.
Выравнивание :
Глобальное и локальное выравнивание см. в файлах matcher_Q6F8L4_P53593.matcher и stretcher_Q6F8L4_P53593.stretcher
Глобальное выравнивание полностью совпадает с выравниванием
в Blast за
исключением того, что в Blast
обрезается последний остаток а там остается(на другой цепи добавляется гэп).
Для локального выравнивание - первое полностью идентично Blast. А вторые два поменьше
выделяют куски ~ 310-380 и ~10 -90 Что показывает, что эти участки более
похожи, а следовательно возможно аналогичность функции которую они выполняют
(Синтазы) - основывается на аналогичности этих двух участков.
