Сравнение фрагмента полного множественного выравнивания, полученного с помощью программы ClustalW, с соответствующим фрагментом "эталонного" выравнивания из SMART

На главную страницу второго семестра

Сравнение фрагментов выравниваний.

  

1. Что было сделано для получения исследуемых фрагментов множественных выравниваний.

     

   1. Эталонного выравнивания.

         В базе данных SMART по Accession number получено описание доменной структуры белка AAT_ECOLI
      со схематичным изображением. Оказалось, что мой белок состоит только из одного домена, который называется Aminotran_1_2. Как выяснилось, последний принадлежит базе данных Pfam.

         Этот домен был взят для последующего рассмотрения по причине единственности. К сожалению, размер выбранного домена (366 а.о.) не соответствует желательному (50–200 остатков), но другого варианта у нас нет.

         Затем мы получили эталонное множественное выравнивание данного домена с его гомологами, и, используя возможности программы GeneDoc, оставили для дальнейшего исследования небольшой участок, постаравшись учесть все требования (длины, ширины, консервативности, непрерывности выравнивания и т.п.) Рассматриваются белки с разными названиями из разных организмов.

      В результате получен участок множественного выравнивания следующего вида:

      *

      1

      0

      *

      2

      0

      *

      3

      0

      *

      4

      0

      *

      5

      0

      *

      A

      A

      T

      M

      _

      B

      O

      V

      I

      N

      1

      :

      I

      L

      L

      H

      A

      C

      A

      H

      N

      P

      T

      G

      V

      D

      P

      R

      P

      E

      Q

      W

      K

      E

      M

      A

      T

      V

      V

      K

      K

      N

      N

      L

      F

      A

      F

      F

      D

      M

      A

      Y

      Q

      G

      F

      A

      S

      G

      D

      G

      N

      K

      D

      A

      W

      A

      V

      :

      5

      5

      T

      Y

      R

      B

      _

      E

      C

      O

      L

      I

      1

      :

      V

      L

      L

      H

      P

      C

      C

      H

      N

      P

      T

      G

      A

      D

      L

      T

      N

      D

      Q

      W

      D

      A

      V

      I

      E

      I

      L

      K

      A

      R

      E

      L

      I

      P

      F

      L

      D

      I

      A

      Y

      Q

      G

      F

      G

      A

      G

      -

      M

      E

      E

      D

      A

      Y

      A

      I

      :

      5

      4

      A

      T

      T

      Y

      _

      R

      H

      I

      M

      E

      1

      :

      V

      L

      L

      H

      A

      S

      C

      H

      N

      P

      T

      G

      G

      V

      L

      S

      E

      A

      Q

      W

      M

      E

      I

      A

      A

      L

      V

      A

      E

      R

      G

      L

      L

      P

      L

      V

      D

      L

      A

      Y

      Q

      G

      F

      G

      R

      G

      -

      L

      D

      Q

      D

      V

      A

      G

      L

      :

      5

      4

      P

      H

      H

      C

      _

      P

      S

      E

      A

      E

      1

      :

      V

      L

      L

      H

      A

      C

      C

      H

      N

      P

      T

      G

      F

      D

      L

      S

      H

      D

      D

      W

      R

      R

      V

      L

      D

      V

      V

      R

      R

      R

      E

      L