Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.cmm.msu.ru/~serge2006/UniProt/uniprot.html
Дата изменения: Fri Mar 16 01:22:11 2007
Дата индексирования: Tue Oct 2 12:47:39 2012
Кодировка: Windows-1251
UniProt

UniProt
назад

2 зантие 2 семестра.
16.02.2007

    Основные задания:
  1. Мой белок: ID: THD1_ECOLI. Код доступа - AC: P04968.
    Ссылка в интернете: http://www.expasy.ch/uniprot/P04968.txt. P04968.txt
  2. Online описание
      Метка поля Содержание
    Код(ы) доступа ("Accession number") AC P04968; Q2M881
    Идентификатор записи в БД ID THD1_ECOLI Reviewed; 514 AA.
    Название (краткое описание) белка DE Threonine dehydratase biosynthetic (EC 4.3.1.19) (Threonine deaminase).
    Дата создания документа DT 13-AUG-1987, integrated into UniProtKB/Swiss-Prot.
    Дата последнего исправления аннотации DT 12-DEC-2006, entry version 83.
    Число публикаций, использованных при создании документа RN 9
    Журнал и год самой поздней публикации RL
    RT    		 Mol. Syst. Biol. 2:E1-E5(2006).
    "Highly accurate genome sequences of Escherichia coli K-12 strains MG1655 and W3110."
    Полный текст статьи.
    Ключевые слова KW Branched-chain amino acid biosynthesis; Complete proteome; Isoleucine biosynthesis; Lyase; Pyridoxal phosphate.
    Что содержит поле комментариев? CC

    Функция
    Каталитическая активность
    Кофактор, кофермент
    Регуляция ферментов
    Метаболический путь
    Подгруппа
    Принадлежность к группам, подобие
    Идентификаторы записей PDB DR 1TDJ

  3. С помощью поисковой машины сайта Expasy определяем количество находимых статей в зависимости от запроса:
    ЗапросЧисло записей в SwissProtЧисло записей в TrEMBL
    Threonine dehydratase biosynthetic (EC 4.3.1.19) (Threonine deaminase)240
    Threonine dehydratase biosynthetic28103
    EC 4.3.1.1938213
    Threonine deaminase3847
    Дополнительные задания:
  1. Сравнение с похожим белком, но из другого организма

      Метка поля Белок 1 Белок 2
    Первый код доступа AC P04968 P20506
    Идентификатор последовательности в БД ID THD1_ECOLI THD1_SALTY
    Название (краткое описание) белка DE Threonine dehydratase biosynthetic (EC 4.3.1.19) (Threonine deaminase) Threonine dehydratase biosynthetic (EC 4.3.1.19) (Threonine deaminase)
    Дата создания документа DT 13-AUG-1987 01-FEB-1991
    Дата последнего исправления аннотации DT 12-DEC-2006 23-JAN-2007
    Название организма OS Escherichia coli Salmonella typhimurium
    Классификация организма (список таксонов) OC Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacteriales; Enterobacteriaceae; Escherichia Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacteriales; Enterobacteriaceae; Salmonella
    Длина последовательности ID 514 514
    Молекулярная масса белка SQ 56195 56253
    Число публикаций, использованных при создании документа RN 9 3
    Журнал и год самой поздней публикации RL Mol. Syst. Biol. 2:E1-E5(2006) Nature 413:852-856(2001)
    Описание вторичной структуры
    Укажите, есть ли такое описание, и в чем оно состоит.    		    
    Ключевые слова KW Branched-chain amino acid biosynthesis; Complete proteome; Isoleucine biosynthesis; Lyase; Pyridoxal phosphate Allosteric enzyme; Amino-acid biosynthesis; Branched-chain amino acid biosynthesis; Complete proteome; Isoleucine biosynthesis; Lyase; Pyridoxal phosphate
    Темы, освещенные в комментариях CC Функция
    Каталитическая активность
    Кофактор, кофермент
    Регуляция ферментов
    Метаболический путь
    Подгруппа
    Принадлежность к группам, подобие    		 Функция
    Каталитическая активность
    Кофактор, кофермент
    Регуляция ферментов
    Метаболический путь
    Подгруппа
    Принадлежность к группам, подобие
    Особенности последовательности FT Ковалентная связь в 62 ак
    Конфликт в 120 ак
    Конфликт в 140 ак
    Конфликт в 195 ак
    Конфликт в 243 ак
    Конфликт в 334 ак
    Есть спирали, тяжи, повороты.    		 Ковалентная связь в 62 ак
    Конфликт в 71 ак
    Конфликт в 124 ак
    Конфликт в 339 ак
    Конфликт в 342 ак
    Конфликт в 351 ак
    Идентификаторы записей PDB DR 1TDJ -

    Эти белки очень сходны, т.к. выделены из организмов, различающиеся только родом. Судя по количеству статей (9 против 3), первый белок более изучен лучше, но и начали изучать его раньше (1987 против 1991).
  2. Последовательности обоих данных белков одинаковой длины (514 ак). Различаются примерно в 30 ак (27), то есть остальные совпадают.
  3. Аннотация из PubMed к первой статье, на которую ссылается запись SwissProt, описывающая белок 1 (мой белок): abstract.txt.
    Чтобы ее получить: выбираем среди References нужную статью (пункт). Там ищем "PubMed=nnn", где nnn - номер этой статьи в базе PubMed. Переходим на страницу PubMed и проводим поиск по nnn.
    Краткое содержание. Полная нуклеотидная последовательность кластера ilvGMEDA Эшерихии коли (Escherichia coli K-12). На прояжении последних 30 лет генетики и биохимики активно изучали кластер генов ilvGMEDA Эшерихии. Генетическая регуляция кластера ilvGMEDA влияет на ??ослабление??, внутренних промоторов, внутренних Rho-зависимых учатков терминаторов (терминации), полярных участков в псевдогене ilvG и диких организмов и саморегуляции biosynthetic L-threonine deaminase геном ilvG. Закончена расшифровка (составление) нуклеотидной последовательности коастера 6600-bp. Он проанализирован параллельно с ilvYC, ilvBN, и ilvIH генами на частоты встречаемости кодонов и возможные зволюционные взаимоосвязи. ??Содержание изолейцина каждого генетического продукта кластера ilvGMEDA почти одинаково (меньше, чем двоякая вариация), соответственно исключая одну возможную интерпритацию характерного изолейцину феномена усиления????. Нет доказательств регрессивной (обратной, ретроградной) эволюции в кластере, начиная с отсутсвия значительных сходств (гомологов), которых определили бы среди генов, которые катализируют (ускоряют) непрерывные (последовательные) реакции пути?? метаболизма??. Однако существует сильно выраженная гомология между треонин-деаминазами митохондрий дрожжей и Ешерихии Коли. Последовательность на границе между генами ilvA и ilvD: ТААТААТГ, так что второй ТАА-стоп кодон ilvD частично совпадает/перекрывает АТГ-старт кодон ilvA??
    Непонятые термины: biosynthetic L-threonine deaminase.

назад

© Serge I. Mitrofanov, 2006Последнее обновление: 14.03.2007