Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.cmm.msu.ru/~shure_beta/Term3/Practice9/practice9.html Дата изменения: Tue Dec 4 01:22:53 2007 Дата индексирования: Sat Dec 22 07:08:04 2007 Кодировка: Windows-1251

Исследование белок-нуклеиновых контактов

1.Исследование контактов между молекулами белка и нуклеиновой кислоты

	Полярные	Гидрофобные	Всего
Контакты цепи A белка с ...
... остатками 2'-дезоксирибозы	7	12	19
... остатками фосфорной кислоты	9	-	9
... остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки	4	7	11
... остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки	2	0	2

	Полярные	Гидрофобные	Всего
Контакты цепи В белка с ...
... остатками 2'-дезоксирибозы	1	7	8
... остатками фосфорной кислоты	8	-	8
... остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки	3	8	11
... остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки	0	0	0

Из полученных результатов можно заключить, что наибольшую роль в связывании белка с нуклеотидом играют остатки 2'-дезоксирибозы и остатки азотистых оснований со стороны большой бороздки. В то время как связей со стороны малой бороздки практически нет-это может быть следствием только небольшой ширины бороздки(все-таки рассмотрена В-форма ДНК) Скрипт для получения изображения в RasMol: Script

2.Поиск специфических контактов, обеспечивающих узнавание сайта в молекуле ДНК

Для изучения была выбрана аминокислота ARG17, вокруг которого можно заметить 4 связи.
Но поскольку образование такого большого количества связей между аминокислотным остатком белка и ДНК маловероятно, то, исходя из вышепредставленного рисунка контакта можно заключить, что данная связь является специфичной.

3.Описание функций исследованного белка

Белок: TDP2_HUMAN
AC: Q14188
Ген: TFDP2 (DP2)
Описание: Transcription factor Dp-2 (E2F dimerization partner 2).
Описание family E2F_TDP (PF02319):
Это семейство содержит фактор транскрипции E2F и его димерных белков TDP1 и TDP2, стимулирующий E2F-зависимую транскрипцию.E2F связывается с ДНК как гомодимер или гетеродимер вместе с TDP1/2, причем гетеродимер связвается лучше. Кристаллическая структура E2F4-DP2-DNA комплекса показывает, что ДНК-связывающие домены белков E2F и DP оба имеют спираль, похожую на спираль ДНК связывающего мотива.
Распознавание последовательности c/gGCGCg/c консенсуса ДНК-связывающего сайта симметрично и аминокислоты, которые контактируют с этими основаниями, сохранены среди белков E2F и DP.
Также в Pfam было построено выравнивание,судя по которому можно заметить, что наш аминокислотный остаток является консервативным (в выравнивании он представлен как раз первым).
Выравнивание можно найти по адресу: shure_beta/public_html/Term3/Practice9/PF02319.msf

4.Построение схемы контактов белка с ДНК

Использовалась команда:
nucplot 1СА7.pdb
С помощью программы nucplot (nucplot 11СF7.pdb) было получено изображение, визуализирующее контакты ДНК с белком.
Файл 11СF7.pdb является исправленным фалом 1СF7.pdb.
Исправления пришлось вносить, т.к. изначально команда не работала, поскольку ДНК не распознавалось.
Более того, при работе с файлом pdb в предыдущем задании пришлось исправлять скрипт dna.def и менять названия атомов все по той же причине.

Помимо остальных высокоспецифичных взаимодействий, которые не были рассмотрены в предыдущем задании,
также тут представлено и то взаимодействие, которое было изучено.
Как видно из схемы, на ней показаны всего лишь две связи, в то время как нами было найдено 4, это может говорить о том, что что nucplot предьявляет более жесткие требования, чем 3.5 ангстрем, которые были взяты в rasmol для нахождения атомов, с которыми Arg 17 имеет высокоспецифичное взаимодействие.
Исходя из всего вышеперечисленног, можно заключить, что взятая аминокислота Arg 17 действительно образует высокоспецифичное взаимодействие с цепью ДНК и при этом являтется консервативной в семействе домена.
На главную
На страницу третьего семестра
©Вахрушева Анна Алексеевна