Знакомство с терминологией GO

Описание функции HutP_Bacsu с помощью аннотации Gene Ontology

Описание функции белка xxx_Ecoli в соответствии с GO-аннотацией

	Онтология GO (название словаря)	Количество разных ассоциированных терминов GO	Функция белка (краткое описание, близкое к тексту определения термина(ов) GO
Где?		Ничего не нашлось.
Зачем, для чего?	Biological process	3	1) Транскрипция - клеточный синтез РНК по матрице ДНК. 2) Регуляция транскрипции - процесс, влияющий на частоту, скорость или распрастранение транскрипции. 3) Метаболизм гистидина - химические реакции и метаболические пути с участием гистидина.
Молекулярный механизм?	Molecular function	1	Связывание с РНК - селективное и нековалентное взаимодействие с РНК.
Специфичность?		Ничего не нашлось

Описание трех терминов GO

У моего белка все термины очень широкие. Я выбрала
1. regulation of transcription, DNA-dependent
2. histidine metabolic process
3. RNA binding


Описание терминов GO

GO ID выбранного термина Список синонимов	Список ближайших родительских терминов GO с указанием типа связи	Список ближайших дочерних терминов GO с указанием типа связи
GO:0006355 регулция транскрипции, контроль транскрипции	Связь is a: GO:0010468 regulation of gene expression GO:0051252 regulation of RNA metabolic process GO:2000112 regulation of cellular macromolecule biosynthetic process GO:0019219 regulation of nucleobase, nucleoside, nucleotide and nucleic acid metabolic proces Связь regulates GO:0006351 transcription, DNA-dependent	Для всех терминов связь is a GO:0045892 negative regulation of transcription, DNA-dependent GO:0045893 positive regulation of transcription, DNA-dependent GO:0045896 regulation of transcription during mitosis GO:0051037 regulation of transcription during meiosis GO:0009373 regulation of transcription by pheromones GO:0045990 carbon catabolite regulation of transcription GO:0006356 regulation of transcription from RNA polymerase I promoter GO:0006357 regulation of transcription from RNA polymerase II promoter GO:0006359 regulation of transcription from RNA polymerase III promoter GO:0007532 regulation of transcription, mating-type specific GO:0032583 regulation of gene-specific transcription GO:0060194 regulation of antisense RNA transcription GO:0070028 regulation of transcription by carbon monoxide GO:0051090 regulation of sequence-specific DNA binding transcription factor activity GO:0031554 regulation of transcription termination, DNA-dependent GO:0032784 regulation of transcription elongation, DNA-dependent GO:2000142 regulation of transcription initiation, DNA-dependent GO:0090293 nitrogen catabolite regulation of transcription GO:0043620 regulation of transcription in response to stress GO:0031935 regulation of chromatin silencing GO:0044324 regulation of transcription involved in anterior/posterior axis specification
GO:0006547 метаболизм гистидина	Для всех терминов связь is a: GO:0009075 histidine family amino acid metabolic proces GO:0046483 heterocycle metabolic process	Для всех терминов связь is a: GO:0000105 histidine biosynthetic process GO:0006548 histidine catabolic process
GO:0003723	Cвязь is a: GO:0003723 RNA binding	Для всех терминов связь is a: GO:0035197 siRNA binding GO:0035198 miRNA binding GO:0000339 RNA cap binding GO:0035613 RNA stem-loop binding GO:0017069 snRNA binding GO:0017091 AU-rich element binding GO:0030515 snoRNA binding GO:0000049 tRNA binding GO:0003725 double-stranded RNA binding GO:0003727 single-stranded RNA binding GO:0003729 mRNA binding GO:0002151 G-quadruplex RNA binding GO:0042835 BRE binding GO:0008312 7S RNA binding GO:0019843 rRNA binding GO:0034336 misfolded RNA binding GO:0070883 pre-miRNA binding GO:0070878 pri-miRNA binding GO:0033204 ribonuclease P RNA binding GO:0070034 telomeric RNA binding GO:0001069 regulatory region RNA binding GO:0008135 translation factor activity, nucleic acid binding GO:0071208 histone pre-mRNA DCP binding GO:0034583 21U-RNA binding GO:0034584 piRNA binding GO:0000498 base pairing with RNA

Оценка качества функциональной аннотации белков в UniProt

Определение числа реальных и гипотетических белков из морской свинки Cavia porcellus


Русское название: Морская свинка
Латниское название: Cavia porcellus
Английское название: Domestic guinea pig
Taxonomy ID: 10141
Ранг: species



Соотношение между реальными и гипотетическими белками из Cavia porcellus (по данным UniProt)

	Количество в UniProt	Количество в UniRef100
Существование белка доказано экспериментально	95	279
Известны только соответствующие транскрипты	570	760
Гипотетический белок, предсказан по гомологии	102	104
Иные предсказанные гипотетические белки	75	75
Всего	842	938

Только 11% белков из UniProt были достоверно установлены. Меня несколько удивляет общее количество найденных белков (842) - не верится что для морской свинки найдено так мало. Поиск по UniRef отдельно дает почему-то меньше находок, чем сумма "связанных с UniProt".

Использование GO для работы с массовыми данными

Описание протеома бактерии Caldicellulosiruptor bescii DSM 6725 (Anaerocellum thermophilum)



• Число белков протеома: 2652 (В UniProt нашлось 2660)
  
• Число белков с хотя бы одной записью GO: 1663 (62,5 %)
  
• Диаграмма по типу словарей:
  
  
• Самые частые термины GO:
  F: GO:0005524 (ATP binding)
  C: GO:0005737 (cytoplasm)
  F: GO:0003677 (DNA binding)
  C: GO:0016021 (integral to membrane)
  P: GO:0006355 (regulation of transcription, DNA-dependent)
  P: GO:0055114 (oxidation-reduction process)
  
• Файл Excel со сводными таблицами

Получение выборки последовательностей белков с заданной функцией



Карбоксилирование - Carboxylation
Термин GO - carboxy-lyase activity
Go ID - GO:0016831
Словарь - Molecular Function
Запрос SRS - ([uniprot-NCBI_TaxId:10141*] > ([uniprot-DbName:GO*] & [uniprot-DBxref:GO:0016831*]))
Нашелся всего один белок: C0JKE0_CAVPO
В формате fasta