Множественное выравнивание

1. Множественное выравнивание белков-"малых дельта-антигенов"

   
   Файлы:
   До выравнивания (FASTA)
   После выравнивания (FASTA)

   До выравнивания видно, что белки похожие - есть большие "серые куски" (аминокислоты совпадают, но не у всех) и даже "черные колонки" (совпадают у всех), и вообще, редкие аминокислоты (например триптофан) стоят хотя бы на соседних позициях. Но точно сказать, что белки гомологичны нельзя.

   После выравнивания уже более 80% аминокислот сходны по функциям - я думаю, этого достаточно для гомологичности. Кроме того, видны "особенные" куски (например сильно отрицательно заряженный кусок - пять глутаминовых килот подряд - явно не просто так, а связано с функцией белка), встречающиеся в каждом белке.

2. Выравнивание гомологов белка HutP_Bacsu

   
   Файлы:
   Выравнивание в формате FASTA
   Есть участки с повышенной долей консервативных позиций - начиная с 40 а.о. белки пркатически идентичны. А вот с 20 по 40 совпадений очень мало + несколько вставок и делеций.
   

   ---

   © Медведева