Функции. Онтологии базы данных GO

Поиск нужного термина в словарях GO

На главном сайте консорциума GO, http://www.geneontology.org, найдем наиболее подходящий заданной локализации - митохондриальная мембрана - термин GO:
1. заданное описание локализации: membrane mitoch;
2. выбранный термин GO и его идентификатор: mitochondrial membrane, 0031966 ;
3. название онтологии GO и его перевод на русский: -клеточный компонент ;
4. определение термина (в переводе на русский):
   Митохондриальная мембрана - любой липидный бислой, который окружает митохондрию и образует ее оболочку.

Описание функции белка SEP15_HUMAN с помощью терминов GO

Получив полную запись банка Swiss-Prot, по ссылкам на GO опишем функцию белка:

	Онтология GO (название словаря)	Количество ассоциированных терминов GO	Краткий ответ на вопрос
Где?	cellular compound	2	в ЭПР
Зачем, для чего?	biological process	1	новый фолдинг белков после трансляции
Молекулярный механизм?	molecular function	1	выборочно взаимодействует с белками или белковыми комплексами
Специфичность?	molecular function	1	возможность связывания с селеном

Создание больших выборок белков с определенными функциями
(поиск по идентификаторам GO в UniProt с помощью SRS)

Протеом Rattus norvegicus. Результаты поиска в UniProt, 30.03.2009г.

	Количество записей	Запрос
Всего из данного организма	7314	(([swissprot-Organism:Rattus*] & [swissprot-Organism:norvegicus*]) | [swissprot-Organism:Rattus norvegicus*])
С идентификаторами всех трех онтологий GO	4218	((([swissprot-Organism:Rattus*] & [swissprot-Organism:norvegicus*]) | [swissprot-Organism:Rattus norvegicus*]) & (((([swissprot-DBxref:GO:*] & [swissprot-DBxref:P:*]) & [swissprot-DBxref:F:*]) & [swissprot-DBxref:C:*]) > parent ))
В том числе в мембране митохондрии	24	(((([swissprot-Organism:Rattus*] & [swissprot-Organism:norvegicus*]) | [swissprot-Organism:Rattus norvegicus*]) & (((([swissprot-DBxref:GO:*] & [swissprot-DBxref:P:*]) & [swissprot-DBxref:F:*]) & [swissprot-DBxref:C:*]) > parent )) & ([swissprot-DBxref:GO:0031966*] > parent ))
В том числе те, у которых встречается хотя бы один раз самое хорошее доказательство функции (коды EXP, IDA или TAS)	11	((((([swissprot-Organism:Rattus*] & [swissprot-Organism:norvegicus*]) | [swissprot-Organism:Rattus norvegicus*]) & (((([swissprot-DBxref:GO:*] & [swissprot-DBxref:P:*]) & [swissprot-DBxref:F:*]) & [swissprot-DBxref:C:*]) > parent )) & ([swissprot-DBxref:GO:0031966*] > parent )) & ((([swissprot-DBxref:EXP*] | [swissprot-DBxref:IDA*]) | [swissprot-DBxref:TAS*]) > parent ))
В том числе только с самыми хорошими доказательствами функции (коды только EXP, IDA или TAS)	No entries found	((((([swissprot-Organism:Rattus*] & [swissprot-Organism:norvegicus*]) | [swissprot-Organism:Rattus norvegicus*]) & (((([swissprot-DBxref:GO:*] & [swissprot-DBxref:P:*]) & [swissprot-DBxref:F:*]) & [swissprot-DBxref:C:*]) > parent )) & ([swissprot-DBxref:GO:0031966*] > parent )) & ((([swissprot-DBxref:EXP*] & [swissprot-DBxref:IDA*]) & [swissprot-DBxref:TAS*]) > parent ))

Число информации о белках Rattus norvegicus резко уменьшается при поиске по такому "узкоспециальному" месту локализации - митохондриальной мембране. Тем не менее, среди них даже можно найти такие, у которых хотя бы раз встречается самое хорошее доказательство функции. Нет лишь тех белков, у которых только лучшие доказательства функций.

Назад

На главную