Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.cmm.msu.ru/~sudakov/term1/text/secondary.html
Дата изменения: Thu Mar 11 22:50:38 2010
Дата индексирования: Tue Oct 2 18:34:10 2012
Кодировка: Windows-1251
Исследование вторичной структуры SPX_Bacsu На страницу первого семестра

Исследование вторичной структуры SPX_Bacsu


  1. Общее описание вторичной структуры белка SPX_Bacsu


  2. Изображение ленточной модели цепи А

  3. Элементы структуры, выбранные для дальнейшей работы: alpha-сприраль 11-21 а.о; beta-лист (2-7,27-32,94-96,99-104)а.о смешанной структуры, содержащий как параллельные, так и антипараллельные элементы, сцепленные друг с другом водородными связями; beta-поворот 97-100 а.о.
    helix1.spt


  4. альфа-структура:
    Она же, отдельно от основной цепи:

    показаны водородные связи:

    атомы Cb выделены красным:
    Общий патерн для альфа-структуры будет выглядеть так: H(i.j=i+4), где i- номер остатка с атомом кислорода,j- номер остатка с атомом азота в водородной связи с азотом. Водородные связи соединяют а.о:Thr11-lys15,ser12-ala16,cys13-arg17,arg14-ala18,lys15-trp19,ala16-leu20,arg17-glu21.
    Бета-атомы углерода, как и соответственно, боковые группы, расположены с внешней стороны от спирали.
    в другом сдучае, из того же белка взяли бета-вторичную структуру: бета-лист.



    Здесь мы видим, что бета-атомы углерода, как и боковые группы, расположены перпендикулярно плоскости бета-листа.
    В третьем случае, рассмотрим бета-поворот:


    Здесь мы наблюдаем только одну водородную связь: H(97.100).

© Судаков Роман Владимирович, 2009;