Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.cmm.msu.su/FBB/year_04/doc/hints_6.doc Дата изменения: Mon Oct 18 18:37:54 2004 Дата индексирования: Mon Oct 1 21:48:42 2012 Кодировка: koi8-r

Инструкции и подсказки

0. Скопируйте в протокол образец описания состава PDB-структуры (таблицу,
см. в конце этого файла). Отредактируйте заголовок. Название структуры
(TITLE) найдете в первых строчках файла, если откроете его текстовым
редактором.


1.
a) Откройте файл 1gzx.pdb программой RasMol. Для этого (у нас в классе!)
достаточно выполнить двойной щелчок по имени файла. Обратите внимание,
что появляется два окна: с изображением и командное: "RasMol command
line".
b) Создайте светлый фон. Для этого в окне "RasMol command line" напишите

background white

или по системе RGB, например:

background [230,250,200] (числа не должны превышать 255)

Чтобы выполнить набранную команду, нажмите
c) Изобразите цепи белка в остовной модели, выбрав подходящую толщину
линий;

например:

backbone 30

Раскрасьте разные цепи белка в разные цвета

color chain
d) Определите имена (-цепей и (-цепей гемоглобина зная, что (-цепь короче
(-цепи на несколько аминокислотных остатков; щелкая по концевым С(
-атомам (в остовной модели С( -атомы расположены в вершинах ломаной),
в командной строке получите информацию об имени цепи, типе и номере
остатка и др.

Внесите информацию об именах цепей, типах и номерах концевых остатков
в протокол
e) Изобразите N-концевые азоты (то есть атомы N остатков, находящихся на
N-концах цепей) большими (400) синими шариками:

select <имя атома> (например, "select arg58:x.n")

cpk 400

color blue

тип остатка, номер остатка и имя цепи прочитайте в собственном
протоколе.

Аналогичным образом изобразите C-концевые кислороды красными шариками
(их по 2 на каждую цепь! Чтобы узнать как называется второй кислород
из C-концевой группы COOH выделите C-концевой остаток целиком
(например, select 327A), изобразите его в проволочной модели
(wireframe 50), покрасьте по типам атомов (color cpk) и щелкая по
атомам кислорода, определите их имена.
f) Измените окраску цепей так, чтобы (-цепи гемоглобина отличались от (-
цепей. Чтобы покрасить цепь с именем X:

select *X

color <цвет>

Например, (-цепи - зеленая и сине-зеленая (greenblue), (-цепи -
оранжевая и красная. Имена цепей - в Вашем протоколе!
g) Изобразите молекулы гемов в толстой (100) проволочной модели. Окраска
- по атомам (color cpk)[1]

Изобразите атомы железа (iron) шариками натуральной величины (командой
spacefill) и фиолетового (purple) цвета

Изобразите кислороды, связанные с ионами железа, красными шариками
натуральной величины, а молекулы воды - маленькими (5) шариками
голубого (cyan) цвета. Помните: hetero - это множество всех атомов не
из белка или нуклеиновых кислот. Значит, hetero включает в себя гемы,
молекулы воды (water) и нужные атомы кислородов. Зная это и логические
операции, можно выделить нужные множества командой

select <множество>.
h) Подберите удачный ракурс и сохраните полученное изображение в
графическом файле формата gif (меню Export).

Проверьте, что полученный файл открывается.

Если вы остались довольны картинкой, то пошлите ее подруге, другу или,
в крайнем случай, преподавателям!

Сравните ваши результаты с рис. 1 работы [1]. Если есть комментарии,
то внесите их в протокол.
i) Не забудьте заполнить таблицу в протоколе.

2. Для определения номеров остатков проксимального и дистального гистидинов
изобразите белок в остовной модели а все гистидины (select his) - в
проволочной; также изобразите гемы, атомы железа и кислороды, связанные с
ним (это те атомы кислорода, которые не принадлежат белку, гему,
молекулам воды). Щелкая по атомам из нужного гистидина, в командной
строке получите информацию о номере остатка в цепи.

Создайте текстовый файл 1gzx.def и в нем напишите а) необходимые
команды-определения

define <как называется> <какое множество>

б) сообщение о новых названиях

echo <Название> <пояснение>. Все буквы должны быть латинскими.


Образец: фрагмент скрипта 1gbv.def

==============

# За этим знаком можно писать что угодно и даже по-русски. Образец
1gbv.def

define proximalHis 63B, 63D, 58A, 58C

echo The set proximalHis is defined!

define oxy oxygen and not (protein, hem, ... )

echo The set oxy contains oxygens bound to iron atoms

......

echo Ok!

==============

Исполните скрипт, выполнив команду script 1gbx.def в командной
строке Rasmol. Если возникли проблемы, то пишите полное имя файла
1gbx.def (с указанием пути). Нарисуйте и покрасьте нужные гистидины,
используя названия proximalHis и др. Оставьте только нужные объекты
(restrict hem,iron,proximalHis, ...)

3. Расширение .spt сообщает Windows, что следует вызвать Rasmol и сказать
Rasmol'у что на входе скрипт, а не структура. Поэтому в первой строке
скрипта следует исполнить команду загрузки PDB-файла:

load .....\1gbx.pdb

Здесь "...." заменяет путь

Далее напишите команду вызова скрипта 1gbx.def командой

script ......\1gbx.def

Следующей командой сотрите все изображение в графическом окне

restrict none

и пишите команды рисования того, что хочется. Некоторые из них я здесь
приведу:


background white

select protein

color chain

backbone 40

......

select proximalHis

wireframe 100

color greenblue

.....

select iron

spacefill

.....

echo Look and enjoy!

pause

# Команда pause приостанавливает исполнение скрипта, позволяя
рассматривать картинку.

# После нажатия любой клавиши скрипт продолжает исполнение, так что можно
создать

# вторую картинку и т.д.

select *A

spacefill

echo You can see the hem in the hemoglobin cavity!

pause

.....


Исполните скрипт, и если получилось, покажите преподавателю.


Образец: фрагмент описания состава PDB-файла
Табл.1 Состав PDB-структуры 1GBV.

Название: (ALPHA-OXY, BETA-(C112G)DEOXY) T-STATE HUMAN HEMOGLOBIN

|Полипептидные цепи |
|Остатки |Название субъединицы белка |
|от-до: | |
|цепь | |
|1-200:X |Гемоглобин, альфа-цепь |
|1-157:Y |Гемоглобин, альфа-цепь |
|....... |......................... |
|....... |......................... |
|Гетеромолекулы и гетерогруппы (лиганды, ионы, вода, ...) |
|ID |Название |Формула |Число копий |Комментарии |
|HEM |Гем |4(C34 H32.....) |8 |По одному в |
| | | | |каждой |
| | | | |субъединице |
| | | | |белка |
|*.Fe |Атом железа |Fe |8 |По одному в |
| | | | |составе каждого|
| | | | |гема |
|*.O1 |Кислород |O |2 |Каждый связан |
| | | | |со своим атомом|
| | | | |Fe |
|*.O2 |Кислород |O |2 |Каждый связан |
| | | | |со своим атомом|
| | | | |O1 |
|HOH |Вода |H2O |325 | |
|....... |...............| | | |



-----------------------
[1] В данной структуре вам повезло с названием лиганда - rasmol поймет,
если вы гем обозначите словом "гем", написанным по-английски. Увы, это не
всегда так из-за того, что на имя "остатка" (в данном случае, лиганда)
отведено в PDB-файле только 3 буквы.