Подсказки к занятию 12

1. Скрипт (синоним - "сценарий") - это текстовый файл, который программа понимает как набор последовательных команд. Для создания скриптов надо использовать редактор FAR Manager. В текстовый файл mystructure.spt строчка за строчкой внесите все те команды, которые вы выполнили, чтобы получить нужное изображение. Пример простейшего скрипта:

   restrict none select all wireframe pause select protein wireframe off backbone echo Enjoy the picture!

   Комментарии к примеру:

   Команда restrict none удаляет всякое изображение из графического окна.
   Команда select all делает выделенным множеством всю структуру – дальнейшие команды визуализации будут применяться ко всей структуре.
   Команда wireframe выводит в графическое окно изображение выделенного множества (в данном случае – всей структуры) в проволочной модели.
   Команда pause приводит к приостановке работы сценария: программа ждет нажатия клавиши <Enter>.
   Команда select protein делает выделенным множеством весь белок – дальнейшие команды визуализации будут применяться к белку, но не к ДНК, воде или лигандам.
   Команда wireframe off удаляет из графического окна изображение выделенного множества (в данном случае – белка) в проволочной модели.
   Команда backbone выводит изображение выделенного множества в остовной модели.
   Наконец, команда echo выводит в командное окно текст, который следует за ней (в данном случае это призыв «Enjoy the picture!»).

   Как включить и выключить изображение в шариковой, остовной и ленточной моделях, см. в презентации или на wiki-странице, посвященной RasMol'у.

   Подсказка: первые две строки вашего скрипта рекомендуется сделать точно такими же, как в приведенном примере.

2. Сначала выполняйте команды непосредственно из командного окна; убедившись, что они дают нужный эффект, заносите их в скрипт.

   Постоянно следите за тем, какое именно множество является выделенным в данный момент!

3. Подписать название и номер остатка (например, аргинина номер 57 из цепи B) можно последовательностью команд:

     select Arg57:B.CA
     label %n%r

   (в данном случае подпись будет расположена возле изображения С_α-атома).

   Как создавать подписи иного вида, смотрите в RasMol Help (в меню графического окна выберите Help →User manual → Command Reference → label).

4. Перед экспортом картинки в виде GIF-файла рекомендуется сделать фон белым.