Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.cmm.msu.su/FBB/year_02/science_1/themes_2004f/Kalinina.doc Дата изменения: Fri Nov 26 22:09:23 2004 Дата индексирования: Tue Oct 2 01:40:40 2012 Кодировка: koi8-r

Уважаемые студенты!

Вашему вниманию предлагается следующая задача:

Поиск в аминокислотных последовательностях позиций, определяющих различия в
функциональности белков - ферментов пути биосинтеза ароматических
аминокислот у термофильных и мезофильных бактерий.

Некоторые бактерий хорошо растут и размножаются при температурах от 20 до
40?С. Такие бактерии называются мезофильными. Однако есть бактерии, которые
лучше всего себя чувствуют при температуре ~100?С. Эти организмы называются
термофилами. Их белки специально приспособлены к таким экстремальным
условиям, как по своей аминокислотной последовательности, так и по
пространственной структуре. Ваша задача будет состоять в том, чтобы
исследовать различия в белках, выполняющих одну и ту же функцию у мезофилов
и термофилов. В качестве объекта исследования выбраны ферменты пути
биосинтеза ароматических аминокислот.

Предполагается использовать разработанный в нашей группе метод выявления
аминокислотных остатков, определяющих различия в функциональной
специфичности схожих белков (SDPpred). Этот метод хорошо зарекомендовал
себя для идентификации аминокислот, отвечающих за специфическое
распознавание лигандов, субстратов, специфических участков ДНК, других
взаимодействующих белков. Для анализа пути биосинтеза ароматических
аминокислот будут использованы методы сравнительной геномики, используемые
для исследования метаболических путей. Также в ходе работы будут
использованы базовые методы биоинформатики (работа с базами данных Pfam,
SwissProt, KEGG, PubMed, программами BlastP, ClustalX и др.).

Задача предлагается для студента 1 или, возможно, 2 курса.

Руководители проекта: к.б.н. А.Б. Рахманинова, асп. ФББ О.
Калинина.
Телефон: 939-4331 E-mail: abr@belozersky.msu.ru,
ok81@yandex.ru
-----------------------
Thermophiles produce some of the bright colors of Grand Prismatic Spring,
Yellowstone National Park

Аминотрансфераза ароматических аминокислот в комплексе с 3-фенилпропионатом