Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.cmm.msu.su/FBB/year_02/science_1/otzyvy/onFominykh.doc Дата изменения: Fri Nov 14 18:01:08 2003 Дата индексирования: Tue Oct 2 00:47:58 2012 Кодировка: koi8-r

Рецензия на работу


" POU-БЕЛКИ КАК ПРЕДСТАВИТЕЛИ СЕМЕЙСТВА ГОМЕОБЕЛКОВ: АНАЛИЗ ВЫРАВНИВАНИЯ И
ПРОСТРАНСТВЕННОЙ СТРУКТУРЫ"


студентки II курса факультета биоинженерии и биоинформатики


Ксении Фоминых (весна-осень 2003г.)


Гомеобелки, т.е. белки, содержащие консервативный ДНК-связывающий
гомеодомен, составляют одно из важнейших семейств эукариотических
транскрипционных факторов. Они представлены "вглубь": в большинстве (если
не во всех) таксонах эукариот, и "вширь": в каждом из секвенированных
полных геномов животных закодированы больше сотни различных гомеобелков.
Многие гомеобелки являются "master switchs" - ключевыми регуляторами
развития в эмбриогенезе. Для применения методов биоинформатики важно также
то, что доступны последовательности около тысячи гомеобелков, расшифрованы
около 40 трехмерных структур гомеодоменов и их комплексов с ДНК.

Ксения Фоминых выполнила один этап в рамках проекта по детальной аннотации
функций аминокислотных остатков гомеодоменов, важной для предсказания их
специфичности в связывании с ДНК, в междоменных и межбелковых
взаимодействиях, для объяснения консервативности структурной организации
гомеодоменов и для уточнения и обоснования существующих классификаций
гомеобелков на подсемейства.

В работе Фоминых описано одно подсемейство гомобелков, а именно, POU-белки,
характеризующиеся наличием другого консервативного домена - POU-
специфического домена, N-концевого по отношению к гомеодомену.

Ксения составила выборку последовательностей POU-белков, построила
выравнивание, определила границы консервативных доменов: POU-специфического
и гомеодомена, выделила консервативные и функционально консервативные
позиции выравнивания и для абсолютно консервативных (в данном подсемействе)
позиций определила предполагаемые функции соответствующих аминокислотных
остатков - участие в гидрофобном ядре доменов, участие во взаимодействии с
ДНК, и др.; построила матрицу расстояний между POU-белками. (Замечу, что
некоторые из консервативных в подсемействе позиций являются
диагностическими - такими, которые отличают гомеодомены POU-белков от
гомеодоменов всех других подсемейств. Поэтому ряд полученных Ксенией
результатов "заиграют" при сопоставлении с данными о других подсемействах
гомеобелков.)

В результате Ксения разобралась в теме и выполнила достаточно большой объем
разнообразной работы с последовательностями. Выполненная ею работа -
необходимый этап проекта. Ксения продемонстрировала работоспособность и,
что важно в такого рода работах, аккуратность. На будущее пожелаю Ксении
смелее справляться с англоязычной литературой.



10 ноября 2003г.
Научный руководитель работы

к.ф.м.-н. А.В.Алексеевский